Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGATGTTCAAACTAAGTGAATGGACACACTTATCAACTTATGACGTTGGTTTGAATACTGGTTCAAGTGCTTCATATATTGTGgtattctgttctttttgctctctttagttggtgtcttatgtgcgtctcctcatggagaacaaatgtattcactttactagtttcttggtgttttgcttcttgctatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G57190.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G57190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G146996_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ATGGATGTTCAAACTAAGTGAATGGACACACTTATCAACTTATGACGTTGGTTTGAATACTGGTTCAAGTGCTTCATATATTGTGgtattctgttctttttgctctctttagttggtgtcttatgtgcgtctcctcatggagaacaaatgtattcactttactagtttcttggtgttttgcttct-tgctatag-
 ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||| |  |||| || |  |||||| ||||| |||| |   ||||  ||  |||  | | ||   |   | |  |     |  | |  || |  | || |      | ||||  |  |||  |       | || || | ||  
GTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTATCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTGgtgt---gttcagtt-actccatatggtacat---taacttaaaaattttgagtgatacaatatatggcagttgtactgttcccttcattaaacaatgctgtgatgtaag