Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGATGTATTCAACACATTCATTGATCTGTTGCGGCAAACGGGAAATGTTACAAAAGGTCAAACTGACACCGATGAATCAAGgcaaaaattctgagtcctttcacttcaatatggatggtctgtcacatttctgatgaaaccctgctaactaaatatgtatacctttggtttatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G02560.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G02560.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA07G40230.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
ATGGATGTATTCAACACATTCATTGATCTGTTGCGGCAAACGGGAAATGTTACAAAAGGTCAAACTGACACCGATGAATCAAGgcaaaaattctgagtcctttc-acttcaatatggatggtctgtc-acatttctgatgaaaccct--gctaactaaatatgtatacctttggtttatgcag----
||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || || ||  | |||      ||||||         ||  || | | |  || ||   |  ||| || | |||| |  | |   | |  | |     || ||   |  |||| ||  |||       
ATGGATGTATTTAATACTTTCATTGAGCTCTTGCGTCAAACTGGAAATGTCACAAAAGGGCAGACAGATGCAGATA---TGAGGCAAgtgactaatgtttttcctagtctaaaatcactattctatctaaatttgtctttatttcttttgatgttggaaaattggtgtctttagtgcatgagaatga

upper sequence: AT2G02560.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA17G00570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
ATGGATGTATTCAACACATTCATTGATCTGTTGCGGCAAACGGGAAATGTTACAAAAGGTCAAACTGACACCGATGAATCAAGgcaaaaattctgagtcctttcacttcaatatggatggtctgtcacatttctgatgaaaccctgctaac---taaatatgtatacctttggtttatgcag-----
||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || | |||  | ||||||   ||||||         ||  || |   |  | |   |   ||| ||  ||||    |      ||  | |      || ||   |  |||| ||  |||        
ATGGATGTATTTAATACTTTCATTGAGCTCTTGCGTCAAACTGGAAATGTCACAAAAGGGCAGATTGATGCAGATGAAATGAGGCAAgtgactaatgtttttcctagtgtaaaatcactttctatctaattttatctttgtttcttttgatgttggaaaatcggtgtctttagtgcatgagaatgat