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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTAGTGAGCGAAGGTGTGAGGAATTAATCACACAGGTTCCTGAGTCTACAAGGCCTCTCCTAAGACAGATTGAGGCTATGCAGgtaaaaaattgacccatatgttttttctgaaagaacttctcctgagattagaatcttaaattaaattgtaacattgcatgcctcttatctgattggcgatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G79830.4
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G79830.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv16s0098g00540.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GCTAGTGAGCGAAGGTGTGAGGAATTAATCACACAGGTTCCTGAGTCTACAAGGCCTCTCCTAAGACAGATTGAGGCTATGCAGgtaaaaaattgacccatatgttttt-----tctgaaagaacttctcctgagattagaatcttaaatt-------aaattgtaacat-tgcatgcctctt---atctgattggcgatag--------------------
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GCTAGTGAACGTCGGTGTGAGGAGTTGATCACTCAAGTTCCTGAATCTACTAGGCCTCTTTTGAGGCAGATTGAAGCTATGCAGgttgagctttgtttcctatttatttaaagacttgatgaaacttttgagtacactttgctcattggctcgttgatatgttgtgacatatgcacatatgcttggatctcacaatcaactgttatcttctactggtaacag