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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTATGCAGACATATATTGGGATCTTTTATCATGTTCTTTTACATCGAAACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagagagaagatgctgtgataaaaactttcctttgaggatgttgttacctgcatatgtttaaactacaatttttctgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73020.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G73020.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA07G01550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
TTTTATGCAGACATATATTGGGATCTTTTATCATGTTCTTTTACATCGAAACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagagagaagatgctgtgataaaaactttcctttgaggatgttg---ttacctgc-atatgtttaaactacaatttttctgcag--------------------------------------------------
 |||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | || ||||| || ||    || ||||| ||||| ||||| || ||  |  |  | ||  ||||   ||||| ||| |  | | ||   | ||||   |      | |     |||||    |  | | ||   | |    | |||  ||                                                  
CTTTATGCAGACATACATTGGAATCTTTTATCATGCCTTGTTGCATCGTAATTTTTCAACTCTTCGCCAAGTGTTGATTCAGCGACTCCTTCTGTCTGAGgttgcagagaaaagtt-ttctcatgttatctttgtctctcccttctcccatttacccattacttttctacttttctccctctctttagtttggggcttttcctttaacatagaagagtaaaagaaagcatatttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116436471|gb|EG479063.1|EG479063
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423940|gb|EG466532.1|EG466532
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423946|gb|EG466538.1|EG466538
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435865|gb|EG478457.1|EG478457
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436463|gb|EG479055.1|EG479055
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435910|gb|EG478502.1|EG478502
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436478|gb|EG479070.1|EG479070
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCCGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436399|gb|EG478991.1|EG478991
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436349|gb|EG478941.1|EG478941
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAA
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAA
EST: gi|116436465|gb|EG479057.1|EG479057
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423949|gb|EG466541.1|EG466541
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423860|gb|EG466452.1|EG466452
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423780|gb|EG466372.1|EG466372
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436460|gb|EG479052.1|EG479052
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436362|gb|EG478954.1|EG478954
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGGTGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436484|gb|EG479076.1|EG479076
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436480|gb|EG479072.1|EG479072
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436488|gb|EG479080.1|EG479080
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436474|gb|EG479066.1|EG479066
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435879|gb|EG478471.1|EG478471
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116432868|gb|EG475460.1|EG475460
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436404|gb|EG478996.1|EG478996
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423711|gb|EG466303.1|EG466303
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436467|gb|EG479059.1|EG479059
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116432873|gb|EG475465.1|EG475465
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423947|gb|EG466539.1|EG466539
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436479|gb|EG479071.1|EG479071
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCCGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436359|gb|EG478951.1|EG478951
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGGTGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGATAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423849|gb|EG466441.1|EG466441
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436402|gb|EG478994.1|EG478994
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATTTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436468|gb|EG479060.1|EG479060
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423710|gb|EG466302.1|EG466302
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436486|gb|EG479078.1|EG479078
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116432871|gb|EG475463.1|EG475463
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116457871|gb|EG500463.1|EG500463
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435877|gb|EG478469.1|EG478469
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436469|gb|EG479061.1|EG479061
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423941|gb|EG466533.1|EG466533
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC