Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   
29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttagattcctttctagtttacagattacggtttgtacaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06120.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttagattcctttctagtttacagattac--ggtttgtacaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt
||||||| ||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||| || || || |||||||||||||| | | | || || || | || ||| | || || | | |||| | || ||| | | || | ||| ||
GTCTTGCAGATCATGATAATTACCATGAGTTTTGTCGTCTTCTTGGTCGGTTCAGAGTGAATTATCAGgtagacgtatgtgt-agttttttctcctttttgtggtgtatctagtggtttctatttctaattggtagtaatgctatgtacataa-gcagggagatggggtt

upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttagattcctttctagtttacagattacggtttgtacaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt-
||||||| ||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||| || || || |||||||||||||| | || | || || | || | | | | || | | |||| | || ||| || | || | |||| ||
GTCTTGCAGATCATGATAATTACCATGAGTTTTGTCGTCTTCTTGGTCGGTTCAGAGTGAATTATCAGgtagacttatgtgtagttttttctccttttgtggtgtatctagtggtttctatttctaattggtagtaatgcaaagtacataa-gcagggacatggggttc

upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttag---attcctttcta-gtttacagattacggtttgt-acaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt
|||||| |||||||||||||||||| | || || ||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| || |||| | | | |||| | | | | | | | || ||| ||| | | || | |
GTCTTGTTGATCATGATAATTACCATGAATTTTGTCGTCTCCTTGGACGTTTCAGAGTAAATTATCAGgtaattttctaaattaatgcatttttttttatatttaacaacaatgtattgtcatatggtcacatctttaggagattgctctttgtaccg-gctgggcttt----