Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttagattcctttctagtttacagattacggtttgtacaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06120.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttagattcctttctagtttacagattac--ggtttgtacaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt
||||||| ||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||| || || ||  |||||||||||||| |  | |  || || ||  | ||   |||   |  ||    ||   | | ||||    |  || |||     |  |  ||        |  |||   ||
GTCTTGCAGATCATGATAATTACCATGAGTTTTGTCGTCTTCTTGGTCGGTTCAGAGTGAATTATCAGgtagacgtatgtgt-agttttttctcctttttgtggtgtatctagtggtttctatttctaattggtagtaatgctatgtacataa-gcagggagatggggtt

upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttagattcctttctagtttacagattacggtttgtacaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt-
||||||| ||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||| || || ||  |||||||||||||| | || |  ||    ||   | ||  | |   |  |   ||   | | ||||    |  || |||     || |  ||        | ||||   || 
GTCTTGCAGATCATGATAATTACCATGAGTTTTGTCGTCTTCTTGGTCGGTTCAGAGTGAATTATCAGgtagacttatgtgtagttttttctccttttgtggtgtatctagtggtttctatttctaattggtagtaatgcaaagtacataa-gcagggacatggggttc

upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GTCTTGCTGATCATGATAATTACCACGTGTTCTGCCGTCTACTTGGGCGTTTTAGGCTGAATTATCAGgtaaatttctcggttag---attcctttcta-gtttacagattacggtttgt-acaattttgtttgtgttgtagcttgaaatttatgttatgatgccatgtactt
|||||| |||||||||||||||||| |  || || ||||| ||||| ||||| ||  | ||||||||||||| |||||   |||    |||  ||| ||  ||||   |  | |  |||| | |   |    | | | | || |||   ||| |     | ||   | |    
GTCTTGTTGATCATGATAATTACCATGAATTTTGTCGTCTCCTTGGACGTTTCAGAGTAAATTATCAGgtaattttctaaattaatgcatttttttttatatttaacaacaatgtattgtcatatggtcacatctttaggagattgctctttgtaccg-gctgggcttt----