Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTAATAGCTAAAGTCATTGATCGCACAAAGACAATGGATGATGTCTACGGTGCGTTCTATGATTTTTCTTGCATGCTACAAACAAAGgtatgtatacgttactacatttcctgtgtatagtgttggtaactagaagatgagattgtatgtgttttaatattag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G34650.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G34650.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA12G04220.2 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GTCTAATAGCTAAAGTCATTGATCGCACAAAGACAATGGATGATGTCTACGGTGCGTTCTATGATTTTTCTTGCATGCTACAAACAAAGgtatgtatacgttactacatttcctgtg-tatagt---gttggtaactagaagatgagattg-tatgtgtttta-atattag------------------
|| |||  || ||||| ||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||| || | ||||||| |||  ||| |  |  | |||||||| ||  |||  |    ||     | |||  |   |||   ||||  |  ||| || || ||    | ||  || |||                   
GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACAAAGACTATGGCTGATGTCTACGGTGCTTTTTTTGATTTTGCTTCTATGTTGGAGCCCAAGgtatgaatctgttgttgtccttaacacggtatgattaggttttcaactgaagaatgtgagtgctactcatgttgcattttacattggataaagttcctaa