Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACCTTTTCACTGGAGGCTTCTCATTTGCCCCTCAGCAAGTTCATGGTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttccattgacataattattacagcatctggttttatgctgatatatgtcctttttcttagcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G32630.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116405915|gb|EG448507.1|EG448507
EST:     GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG                         GCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAA-GCAGCAAATCCCTTTGATCTT
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
EST: gi|116405912|gb|EG448504.1|EG448504
EST:     GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGCAG                       
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGT---Ggtatatgttc ... ttcttagc
EST: gi|116405919|gb|EG448511.1|EG448511
EST:     GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG                         GCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
EST: gi|116405914|gb|EG448506.1|EG448506
EST:     GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG                         GCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATTTT
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCTTAACATATACAGCAAAAGCAGCAAATCCCTTTGATCTT
EST: gi|116405920|gb|EG448512.1|EG448512
EST:     GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTG                         GCTATGGGAGCCT
genomic: GTCAACATCATGGCATGGGATATGGCATGCAATATTATCAATATCCTGTGgtatatgttc ... ttcttagcagGCTATGGGAGCCT