Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatgattggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaatgtttcgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G78920.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g33490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatg-tcacatgattggct---tgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaa-----taataaatgtttcgtgcag-----------
||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |   ||  ||  ||  |    |  |  ||  ||     | || |||  ||| ||  | |      || | |  |||||    |            
TACAATGGGGATGCTTAGCACAGCAGCATATGTTCTCACCATGGACATGTTTGGTCCAATAGCTGACAATGCTGGTGGTATTGTGGAGATGAGTCAGCAGgtaatacactcgtattttttcccatgtatatagcagttcaaaccaatattttgtctttgctgtaggtttttatttaccgtttctgttaatatgctttact

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G069410_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatgattggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaa--tgtttcgtgcag-----------------------
 |||||||| ||||| ||||||||||  ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   || |||||| ||  |||  |  ||||  |  | |  | |    | || || | |  ||  ||  ||| |  |  |                        
AACAATGGGGATGCTTAGCACTGCAGGGTATGTTCTCACCATGGACATGTTTGGTCCTATAGCTGACAACGCTGGTGGTATTGTTGAGATGAGCCAGCAGgta---tggcacatgttt--cttttatagctcaaacctccgctgtagcctataggttgtagcaaacaacctgtattatttaatactctttccattacaagatctc

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G075900_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgta---agatgtcacatgattggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaatgtttcgtgcag--------------------
 |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||   | ||||  | |   | |||  ||   || |  |||  | | |   || || | |  |||    | | ||| ||||                      
GACAATGGGGATGCTTAGCACAGCAGGGTATGTTCTCACCATGGACATGTTTGGTCCTATAGCTGACAATGCTGGTGGTATTGTTGAGATGAGCCAGCAGgtatacacatgtttcttttgtagctcaaac--ctgtgctgtagcctgtaggttgta-gcaacaatctgtattatttagtgcttttgccattacaaaatttcaa

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA07G00350.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatgattggcttga--aaggctcttatgttcca---tctttattctatgtaga--aataataaatgtttcgtgcag
 |||||||||||||| |||||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||| | | |  |  || |   |||    |   | |||| |   |   || |  | ||||||| |   |  || ||  | |  | |||
AACAATGGGAATGCTTAGCACTGCTGCCTATATTCTTACCATGGATATGTTTGGCCCAATAGCTGATAATGCTGGAGGAATTGTAGAGATGAGTCAGCAGgta-gttcttgctagaataatttggtccatagtgttatttctgagattcctcttgctatgtatactgactattaacctgtttt-cag

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G24120.4 (Glycine max), 5'ss of exon 9
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatga----ttggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaatgtttcgtgcag
 |||||||||||||| || ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |||||||| |||||||||     |   |  |    ||||     |  | ||||    |   || | || | ||||  |   | ||      |  | |||
AACAATGGGAATGCTTAGTACTGCTGCCTATATTCTTACCATGGATATGTTTGGCCCAATAGCTGATAATGCTGGAGGAATTGTAGAGATGAGTCAGCAGgtagttcttgctagaataatttggtccatagagttctttctgtgattcctcatgccatgtgtactgactattaacctttttcag

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv09s0054g00700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaag-atgtcaca--tgattggcttgaaaggctcttatgttccat------cttta---ttctatgtagaa----ataataaatgtttcgtgcag
 |||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || || |||||||| |||||||||   ||   |||  ||| |   |  | |   |    ||   ||       |||||    | | | |  ||    |||  ||||| |   | |||
AACAATGGGAATGCTGAGCACTGCTGCCTATGTTCTAACTATGGATATGTTTGGTCCAATAGCTGATAATGCTGGTGGAATAGTAGAGATGAGTCAGCAGgtagccattctacaactgaatttttcaataatgttggctgaatcaaaaggaactttagtgctttgtttttaacttgatacaaaatgctct-tacag

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: PP1S105_42V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatga-----------ttggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaata-ataaatgtttcgtgcag-------------
 || ||||| ||||| || ||||| |  |||||  | || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| || |||||| ||    | | ||           || | |  || ||   | ||| |  || |||  | | || ||   |  ||   || || |   |              
GACTATGGGCATGCTCAGTACTGCGGGCTATGTGTTGACGATGGACATGTTTGGACCCATTGCAGACAACGCTGGAGGCATTGTTGAAATGAGTCAACAGgtatgagtgtataggagcgattgcacttttggtataagggtagtaatgcttaatattt-ctatttggagttttgcattgctgatttgctgatttgctgtctgcag

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ13082 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 9
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatgattggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaatgtttcgtgcag
||||||||| ||||| || || || || || ||  | || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||      ||   | |  ||  | |  | ||    |  |  ||  || |                            
TACAATGGGGATGCTGAGTACAGCTGCGTACGTGTTGACCATGGACATGTTTGGTCCCATTGCTGATAATGCTGGCGGAATTGTTGAGATGAGCCAACAAgtaag----tgcaatttcgtgttctatg--ttttgaactggaatttggttttgcag------------------------

upper sequence: AT1G78920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ14101 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 9
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatgattggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaatgtttcgtgcag
||||||||| ||||| || || || || || || || || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||  |     || |  |   | | | |||  |   || |   ||  |                           
TACAATGGGGATGCTGAGTACAGCTGCGTACGTGCTGACCATGGACATGTTTGGTCCCATTGCTGATAATGCTGGCGGAATTGTTGAGATGAGCCAACAAgtaag-tgcaat----ttcgtgttctatgtttttaactggaatttggtttgcag--------------------------

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACAATGGGAATGCTAAGCACTGCAGCTTATGTCCTTACTATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGACAACGCTGGTGGGATTGTCGAGATGAGCCAGCAGgtaagatgtcacatgattggcttgaaaggctcttatgttccatctttattctatgtagaaataataaatgtttcgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG