Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAATGGGTCCAAACTCTTCAGCAAATGTTGCAGATTATATGGGTCATATGGCTATGGCTATGGGCAAACTTGGCACTCTTGAAAACTTCCTTCGCCAGgtaagaaaaaatgaacagaatgtctcttgtcaacaacaacatttgttattacaaatcaaagagcttaaaggttactatatctttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G68640.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G68640.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: PP1S126_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
TTCAATGGGTCCAAACTCTTCAGCAAATGTTGCAGATTATATGGGTCATATGGCTATGGCTATGGGCAAACTTGGCACTCTTGAAAACTTCCTTCGCCAGgtaagaaaaaatgaacagaatgtctcttgtcaacaacaacatttgttattacaaatcaaagagcttaaaggttactatatct-ttgcag------------------------------------------------------------------------------------------------------
|        ||    ||| ||||||||||| ||   ||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||   ||| |  | ||||||   | |  |  |  || | |   | |           ||   || |||     ||    | ||  | ||  | |    | ||||                                                                                                        
TGTTGGTTCTCTTGGCTCATCAGCAAATGTAGCTATTTATATGGGACAGATGGCCATGGCCATGGGGAAACTTGGCACACTTGAAGCTTTCATGTGTCAGgta--tatatttatattgattttgcatagctgggtgttgtatggttttttatgcggcattttggttggaagtctcgaggcatgttgcttgtatcatctagcattatgtgggttgttctcagtaatgcagtacagtacgctattagccttttttttcaggtcagttaacgattgttttgatggttttgacag