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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGACATTGAGTCTGCTCTTCAGATTTCTCGTTCTTCCTCTCTTCCTCCCGACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagtttttgttctaatcactttctaatacgtgatcaacaatgtaattagagtataattgttgtgtttaaccacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G47900.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116435431|gb|EG478023.1|EG478023
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435430|gb|EG478022.1|EG478022
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435445|gb|EG478037.1|EG478037
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435426|gb|EG478018.1|EG478018
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435425|gb|EG478017.1|EG478017
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|86073277|gb|DR369034.1|DR369034
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435420|gb|EG478012.1|EG478012
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTCCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435443|gb|EG478035.1|EG478035
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435429|gb|EG478021.1|EG478021
EST:     CAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCA
genomic: CAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTA-CCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCA
EST: gi|116435432|gb|EG478024.1|EG478024
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCACA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435479|gb|EG478071.1|EG478071
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116464698|gb|EG507290.1|EG507290
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTCCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
EST: gi|116435440|gb|EG478032.1|EG478032
EST:     ACAAGGAACGATTAGTTCCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCA                         TTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT
genomic: ACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagttttt ... ttaaccacagTTTATGATACTTGTGGATGATGTTGGAGGGATTTTACCATCTATTAATCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGACATTGAGTCTGCTCTTCAGATTTCTCGTTCTTCCTCTCTTCCTCCCGACAAGGAACGATTAGTTTCCCTTGATGTCTTTCGCGGTCTTACCGTCGCAgtaagtttttgttctaatcactttctaatacgtgatcaacaatgtaattagagtataattgttgtgtttaaccacag

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