Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACGAGTTGGTGGGATGATGTTAATGAGTCAACTCAGTGGCAAGATGGGATCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggctttcaaatttcttcgtaatacatgaaattttttgtttgggagtgaaattagttttctaaaaatgcttgcttttaggtttatagatcaatttct...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G21790.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86038980|gb|DR334735.1|DR334735
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|301502535|gb|HO208075.1|HO208075
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038985|gb|DR334740.1|DR334740
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCSGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038987|gb|DR334742.1|DR334742
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038988|gb|DR334743.1|DR334743
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGAGATTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038990|gb|DR334745.1|DR334745
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGNGGGGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038984|gb|DR334739.1|DR334739
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|152035134|gb|BP845781.2|BP845781
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTAAT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|116408117|gb|EG450709.1|EG450709
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTACCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038989|gb|DR334744.1|DR334744
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|152035186|gb|BP847194.2|BP847194
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTCCCGCCGTTGCTCTT                         GTCCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTGGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038982|gb|DR334737.1|DR334737
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGATTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038983|gb|DR334738.1|DR334738
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|116479083|gb|EG521675.1|EG521675
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038986|gb|DR334741.1|DR334741
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
EST: gi|86038991|gb|DR334746.1|DR334746
EST:     TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTT                         GTTCAACTGATAAGGRTCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT
genomic: TCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggcttt ... tgattggtagGTTCAACTGATAAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTATGGTTGGACTACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACGAGTTGGTGGGATGATGTTAATGAGTCAACTCAGTGGCAAGATGGGATCTTTTTCGCTCTTTGTGGTGCTTATGCTCTTGTTTCCGCCGTTGCTCTTgtatggctttcaaatttcttcgtaatacatgaaattttttgtttgggagtgaaattagttttctaaaaatgcttgcttttaggtttatagatcaatttct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagtgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaatgc