Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAGGTTTTGAATTTCTTGTTCGTATCAATCAAATGGTGGATCGATTTAGTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttcttcgttcgtctctctgatttttttttttttttcatgttcgtttcaaaggcagagtttaggggaagctttgtgacgattcttctgttcttc...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02260.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86055208|gb|DR350965.1|DR350965
EST:     GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCG                         TGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATG
genomic: GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttc ... tacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATG
EST: gi|125056239|gb|EL126047.1|EL126047
EST:     GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCG                         TGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGA
genomic: GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttc ... tacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGA
EST: gi|86047762|gb|DR343517.1|DR343517
EST:     GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCG                         TGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGBGAATG
genomic: GTGAGATTGCTTTACCTCATTAGCAATGACTTCTGCTTCTTCCATGTCCGgtgcgttttc ... tacaatgcagTGTCTGTGGAATGTGTGAACATATGTAATCTAACGAAAGGAGATGGGAATG