1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GGCTAAGGTCCTTGTCACAGATGAGGCTCGTAGAGAGTTCTCTAACCTTCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctctcgatttcccccctctcttgatctgattttgtcactactgcttggtttagactttttagatctttataatttcgatttctggatcaggtgc...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G52300.2 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
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EST: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGCEST: gi|86024133|gb|DR319886.1|DR319886
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EST: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGCEST: gi|124946320|gb|EL022253.1|EL022253
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: ACCAAATTTAGTCAG GAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGCEST: gi|86024114|gb|DR319867.1|DR319867
genomic: ACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCTAAGGTCCTTGTCACAGATGAGGCTCGTAGAGAGTTCTCTAACCTTCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctctcgatttcccccctctcttgatctgattttgtcactactgcttggtttagactttttagatctttataatttcgatttctggatcaggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC