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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTAAGGTCCTTGTCACAGATGAGGCTCGTAGAGAGTTCTCTAACCTTCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctctcgatttcccccctctcttgatctgattttgtcactactgcttggtttagactttttagatctttataatttcgatttctggatcaggtgc...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G52300.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86024149|gb|DR319902.1|DR319902
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024151|gb|DR319904.1|DR319904
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024131|gb|DR319884.1|DR319884
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86078461|gb|DR374218.1|DR374218
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024108|gb|DR319861.1|DR319861
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024111|gb|DR319864.1|DR319864
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024139|gb|DR319892.1|DR319892
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024104|gb|DR319857.1|DR319857
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|164039526|gb|ES075624.1|ES075624
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCTATAGA
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGA
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EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024119|gb|DR319872.1|DR319872
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EST: gi|86024133|gb|DR319886.1|DR319886
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024097|gb|DR319850.1|DR319850
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAVCTGGC
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EST: gi|124744284|gb|EH835446.1|EH835446
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EST: gi|124964240|gb|EL038520.1|EL038520
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCTNTAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGG
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGG
EST: gi|86024140|gb|DR319893.1|DR319893
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024152|gb|DR319905.1|DR319905
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024100|gb|DR319853.1|DR319853
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86078506|gb|DR374263.1|DR374263
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024113|gb|DR319866.1|DR319866
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024114|gb|DR319867.1|DR319867
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024123|gb|DR319876.1|DR319876
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EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024124|gb|DR319877.1|DR319877
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024144|gb|DR319897.1|DR319897
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024116|gb|DR319869.1|DR319869
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EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024125|gb|DR319878.1|DR319878
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATATATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024115|gb|DR319868.1|DR319868
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAACTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024101|gb|DR319854.1|DR319854
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024102|gb|DR319855.1|DR319855
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024099|gb|DR319852.1|DR319852
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024128|gb|DR319881.1|DR319881
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024126|gb|DR319879.1|DR319879
EST:     GTCVTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024143|gb|DR319896.1|DR319896
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024134|gb|DR319887.1|DR319887
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAACTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024109|gb|DR319862.1|DR319862
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|125247316|gb|EL261401.1|EL261401
EST:     TCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTTAGTCAG                         GAACCTGAACCTATAGATTGGGATTA
genomic: TCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTT-AGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTA
EST: gi|124888504|gb|EH967406.1|EH967406
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGG
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGG
EST: gi|86024153|gb|DR319906.1|DR319906
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAMSCTGG
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAG-CTGG
EST: gi|86024107|gb|DR319860.1|DR319860
EST:     TTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGNN
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024121|gb|DR319874.1|DR319874
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024155|gb|DR319908.1|DR319908
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
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EST: gi|86024122|gb|DR319875.1|DR319875
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genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGA-GCTGG
EST: gi|86024158|gb|DR319911.1|DR319911
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genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024130|gb|DR319883.1|DR319883
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genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024103|gb|DR319856.1|DR319856
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024141|gb|DR319894.1|DR319894
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|86024120|gb|DR319873.1|DR319873
EST:     GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCCATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: GTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
EST: gi|124946320|gb|EL022253.1|EL022253
EST:     ACCAAATTTAGTCAG                         GAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC
genomic: ACCAAATTTAGTCAGgttctcctct ... tttaatccagGAACCTGAACCTATAGATTGGGATTACTATAGGAAGGGTATTGGAGCTGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTAAGGTCCTTGTCACAGATGAGGCTCGTAGAGAGTTCTCTAACCTTCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACACAGCTCCAGACCAAATTTAGTCAGgttctcctctcgatttcccccctctcttgatctgattttgtcactactgcttggtttagactttttagatctttataatttcgatttctggatcaggtgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctctcga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctcttg