Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTTGATGCCATAGCTGTGGAGATGCAAGCTGGTTTGGTTTCTGAAGGAGGGTCAAAGCTTAAAATGTTGCTCACTTTTGTTGATGATCTTCCCAATGGgtgagattttgagatatcccaatgcttgttgattatggtctttagaagagtttccctttagtttttatgggatttgatgacatgatggtgcaatgtctggaaacatttgcttgttagttgtgtgaaatcgaaggtttttgttccttgattgtcacaatggaagtctcttgttgtaatatatgaacctttctatttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G20040.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G20040.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA01G43650.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
TGGTTGATGCCATAGCTGTGGAGATGCAAGCTGGTTTGGTTTCTGAAGGAGGGTCAAAGCTTAAAATGTTGCTCACTTTTGTTGATGATCTTCCCAATGGgtgagattttgagatatcccaatgcttgttgattatggtctttagaagagtttccctttagtttttatgggatttgatgacatgatggtgcaatgtctggaaacatttgcttgttagttgtgtgaaatcgaaggtttttgttccttgattgtcacaatggaagtctcttgttgtaatatatgaacctttctatttcag
|||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || || ||||| |||||| | ||||| || || ||| |||| || ||||||| |   | |      | |   | |   ||| || ||  | |||   | |         |   ||    || | |  |    || || || ||||      | ||||                                                                                           
TGGTGGATGCCATGGCCGTGGAGATGCACGCTGGTTTGGCTTCTGAAGGTGGCTCCAAGCTCAAAATGCTTCTCACATTCGTCGATAATCTCCCTAATGGgtaatcatct----ctttcttcttccaattgctt-tgcccattaactgtgccattgcacaaagttc---gggtcttttacgttgctgctg-aatgctgatgagcattcc-----------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: AT3G20040.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv06s0061g00040.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
TGGTTGATGCCATAGCTGTGGAGATGCAAGCTGGTTTGGTTTCTGAAGGAGGGTCAAAGCTTAAAATGTTGCTCACTTTTGTTGATGATCTTCCCAATGGgtgagattttgagata-tcccaatgcttgttgattatggtctttagaagagtttccctttagtttttatgggatttgat--gacatgatggtgcaatgtctggaaacatttgcttgttagttgtgtgaaatcgaaggtttttgttccttgattgtcacaatggaagtctcttgttgtaatatatgaacctttctatttcag
|||| || || || |||||||||||||| || |||||||  ||||| || || || ||||| |||||| | ||||| ||||||||| | ||||| |||||||      ||  || | |     |||||  || ||   | |||||      |||   |||  |  ||   || |  |       ||  |  |||  ||   |                                                                                                   
TGGTGGACGCTATGGCTGTGGAGATGCACGCGGGTTTGGCATCTGAGGGTGGTTCCAAGCTCAAAATGCTCCTCACCTTTGTTGATAAGCTTCCGAATGGgtatttccttctgaaacttttggtgctt-ctggttggtggctttatgttttttttggtttgttcctttccgggtccgtctcagtatcttcttgcg-tgctcg---------------------------------------------------------------------------------------------------