Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCATTATTTTCACTTTCTCGGCTCGATTTGGTGTTGGAGGTTGGTAATCAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctctagctctagctttgttttcctttattggctcacttgattcgagctgggtttgtcttgattagtataatttattgtagagcttctgtattca...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G06670.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116424226|gb|EG466818.1|EG466818
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGGTGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116427932|gb|EG470524.1|EG470524
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116447731|gb|EG490323.1|EG490323
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116423237|gb|EG465829.1|EG465829
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116424515|gb|EG467107.1|EG467107
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCCATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116417449|gb|EG460041.1|EG460041
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116412443|gb|EG455035.1|EG455035
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116411545|gb|EG454137.1|EG454137
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|124856963|gb|EH941400.1|EH941400
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTAT
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTAT
EST: gi|116407356|gb|EG449948.1|EG449948
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGGAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116449069|gb|EG491661.1|EG491661
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116442487|gb|EG485079.1|EG485079
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116413313|gb|EG455905.1|EG455905
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116444990|gb|EG487582.1|EG487582
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116449085|gb|EG491677.1|EG491677
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116449109|gb|EG491701.1|EG491701
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAACTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116428347|gb|EG470939.1|EG470939
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116432099|gb|EG474691.1|EG474691
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGGAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116407371|gb|EG449963.1|EG449963
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGGAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116417526|gb|EG460118.1|EG460118
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116448708|gb|EG491300.1|EG491300
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116411537|gb|EG454129.1|EG454129
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116426306|gb|EG468898.1|EG468898
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|164144568|gb|ES040417.1|ES040417
EST:     CTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116449103|gb|EG491695.1|EG491695
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116460005|gb|EG502597.1|EG502597
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116434816|gb|EG477408.1|EG477408
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
EST: gi|116379504|gb|EG422096.1|EG422096
EST:     CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAG                         AGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA
genomic: CAGTTATGGGCGCTCCGGAAAAGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGgtgtctctct ... cattcttcagAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATGGTAAATGGGATGATCGAGGA