1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GAAAGTTACCGAATTTTCGTGCTTTCTCTGGTACCGCTATGACAGATACTAAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGAgtaagtctttgatttttgattctctctactttgatttcagtttttgggtgttgccaaaattgtacctttgtctttaagttgtgttctcgaacctggtttg...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G02780.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGA ATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTAEST: gi|124831234|gb|EH915673.1|EH915673
genomic: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGAgtaagtcttt ... ttgcttgcagATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTA
EST: TGTTTGAGGATGA ATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTAEST: gi|116477195|gb|EG519787.1|EG519787
genomic: TGTTTGAGGATGAgtaagtcttt ... ttgcttgcagATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTA
EST: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGA ATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTAEST: gi|125064251|gb|EL131940.1|EL131940
genomic: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGAgtaagtcttt ... ttgcttgcagATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTA
EST: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGA ATGCATTCTTGEST: gi|116477196|gb|EG519788.1|EG519788
genomic: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGAgtaagtcttt ... ttgcttgcagATGCATTCTTG
EST: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGA ATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTA
genomic: AAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGAgtaagtcttt ... ttgcttgcagATGCATTCTTGTTGATGAAACTGATCGTGTTGTGGGGCATGACAGCAAGTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAAGTTACCGAATTTTCGTGCTTTCTCTGGTACCGCTATGACAGATACTAAAGATGCTGGTATGGATGCTGTTCAGAGACGTCTCATGTTTGAGGATGAgtaagtctttgatttttgattctctctactttgatttcagtttttgggtgttgccaaaattgtacctttgtctttaagttgtgttctcgaacctggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctctct