1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
GTCTGGTTTAGTTACTGGTTTCCGACGGCTTGTAACTATTGGTGCGGTGGTTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAGgttagtgtagttctttcctattcaatgttgaagaatatagccaaattcttttgagttcaagttgaagattctaatgttgttgatgtgtttaggagattgt...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G44660.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAG ATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGATTCCTTTCGGGEST: gi|124876990|gb|EH956427.1|EH956427
genomic: TTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAGgttagtgtag ... tgtgttgcagATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGG
EST: TTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAG ATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGGAGAGGATTGEST: gi|116475877|gb|EG518469.1|EG518469
genomic: TTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAGgttagtgtag ... tgtgttgcagATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGGAGAGGATTG
EST: TTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAG ATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGGAGAGGATTGTGTCATEST: gi|125321591|gb|EL335676.1|EL335676
genomic: TTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAGgttagtgtag ... tgtgttgcagATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGGAGAGGATTGTGTCAT
EST: GCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAG ATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGGAGAGGATTGTGTCAT
genomic: GCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAGgttagtgtag ... tgtgttgcagATACAGCAAGTCATCAGTAGAATGTTTCCTTTCGGGAGAGGATTGTGTCAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCTGGTTTAGTTACTGGTTTCCGACGGCTTGTAACTATTGGTGCGGTGGTTGTGGCGGTTTTTGCTGCTGCCTATGGACCTTTTATCTATCATGGACAGgttagtgtagttctttcctattcaatgttgaagaatatagccaaattcttttgagttcaagttgaagattctaatgttgttgatgtgtttaggagattgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagaat