Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGTGGAAGAGCGTTGAGCCTGCTCCTAAAGATCCGATCCTCGGAGTTACCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctctctttctctcactctctgttttcccctgcttactacaagatcttacgaatctatgaaattacatcaaaattgaggtcttaatcctatggat...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G30970.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|301502912|gb|HO208452.1|HO208452
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|116454920|gb|EG497512.1|EG497512
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044674|gb|DR340429.1|DR340429
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044675|gb|DR340430.1|DR340430
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044664|gb|DR340419.1|DR340419
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044671|gb|DR340426.1|DR340426
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044667|gb|DR340422.1|DR340422
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044663|gb|DR340418.1|DR340418
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044666|gb|DR340421.1|DR340421
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044668|gb|DR340423.1|DR340423
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044672|gb|DR340427.1|DR340427
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044676|gb|DR340431.1|DR340431
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044670|gb|DR340425.1|DR340425
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|164186851|gb|ES210963.1|ES210963
EST:     AATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGTATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAG
genomic: AATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTG-ATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAG
EST: gi|86044677|gb|DR340432.1|DR340432
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
EST: gi|86044679|gb|DR340434.1|DR340434
EST:     CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTG                         GGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA
genomic: CCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctct ... tcattttaagGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGTGGAAGAGCGTTGAGCCTGCTCCTAAAGATCCGATCCTCGGAGTTACCGAAGCTTTTCTCGCTGATCCTAGTCCTGAAAAAGTTAATGTTGGTGTGgtgagtctctctttctctcactctctgttttcccctgcttactacaagatcttacgaatctatgaaattacatcaaaattgaggtcttaatcctatggat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT