1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TGTTGGTGCTGATTCCGTCGTAACTACTGATTCATCCGCCGTGCAGAAGAGTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagttttaagctgctaatttcgatctctgtgtgtagaattctggaaattgtatttgtagcttaagttttttggtttggatttttag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G28800.4 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCAEST: gi|124798307|gb|EH887986.1|EH887986
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCA
EST: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACEST: gi|124715079|gb|EH806481.1|EH806481
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTAC
EST: CTATGGAATTGGTTCTTAAG ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTTEST: gi|124846863|gb|EH931300.1|EH931300
genomic: CTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
EST: TGGTGGTTGGTTTGGTTTTATTCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTTEST: gi|125243154|gb|EL257239.1|EL257239
genomic: TGGTGGTTGGTTTGGTTTTA-TCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
EST: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTT
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTGGTGCTGATTCCGTCGTAACTACTGATTCATCCGCCGTGCAGAAGAGTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagttttaagctgctaatttcgatctctgtgtgtagaattctggaaattgtatttgtagcttaagttttttggtttggatttttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG