Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTGGTGCTGATTCCGTCGTAACTACTGATTCATCCGCCGTGCAGAAGAGTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagttttaagctgctaatttcgatctctgtgtgtagaattctggaaattgtatttgtagcttaagttttttggtttggatttttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G28800.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125120879|gb|EL168365.1|EL168365
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCA
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCA
EST: gi|124798307|gb|EH887986.1|EH887986
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTAC
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTAC
EST: gi|124715079|gb|EH806481.1|EH806481
EST:     CTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
genomic: CTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
EST: gi|124846863|gb|EH931300.1|EH931300
EST:     TGGTGGTTGGTTTGGTTTTATTCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
genomic: TGGTGGTTGGTTTGGTTTTA-TCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
EST: gi|125243154|gb|EL257239.1|EL257239
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTT
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTT
EST: gi|116412155|gb|EG454747.1|EG454747
EST:     GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAG                         ATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT
genomic: GTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagtttta ... ggatttttagATTTTGAAGGATGGATTATCAGCGGTTCATGTACCTTATGCTTATGGATTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTGGTGCTGATTCCGTCGTAACTACTGATTCATCCGCCGTGCAGAAGAGTGGTGGTTGGTTTGGTTTTATCTCCGATGCTATGGAATTGGTTCTTAAGgtgagttttaagctgctaatttcgatctctgtgtgtagaattctggaaattgtatttgtagcttaagttttttggtttggatttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG