Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACCCAAATGTTAAAGTTTTTGTTTTGTGGCAGCATTTTAACATTTTTGGTCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCTTCAATTTGgtatctttggaccaacttttttttttcttatatatatctgtataattcaatattgggttctttctaatgtagggtttagatcaattcttcatttcttggt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G23740.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116402949|gb|EG445541.1|EG445541
EST:     TCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCCTCAATTTG                         AATTGTGTGTTTGTATCAAATCCTGGGTTTAAAGAAGTGAAATATCTTCTA
genomic: TCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCTTCAATTTGgtatctttgg ... cttattgcagAATTGTGTGTTTGTATCAAATCCTGGGTTTAAAGAAGTGAAATATCTTCTA
EST: gi|116402946|gb|EG445538.1|EG445538
EST:     TCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCTTCAATTTG                         AATTGTGTGTTTGTATCAAATCCTGGGTTTAAAGAAGTGAAATATCTTCTA
genomic: TCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCTTCAATTTGgtatctttgg ... cttattgcagAATTGTGTGTTTGTATCAAATCCTGGGTTTAAAGAAGTGAAATATCTTCTA
EST: gi|116402948|gb|EG445540.1|EG445540
EST:     TCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCCTCAATTTG                         AATTGTGTGTTTGTATCAAATCCTGGGTTTAAAGAAGTGAAATATCTTCTA
genomic: TCACCTCCACCTGGGTTTGTTGATTGGTCATGTTATTGATCTTCAATTTGgtatctttgg ... cttattgcagAATTGTGTGTTTGTATCAAATCCTGGGTTTAAAGAAGTGAAATATCTTCTA