Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTGAAGTCGATACAAGCCTTGGCGGCTCATAGTTTACTCTTCTGTTTCACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctcttttctctctttcaattctcttttctctgaaattgactgcatgattcaaattctttgcttctgatttgttcaatttcgattttcgtttttg...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G18470.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86039339|gb|DR335094.1|DR335094
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
EST: gi|86039336|gb|DR335091.1|DR335091
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
EST: gi|86039338|gb|DR335093.1|DR335093
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGC
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGC
EST: gi|116478068|gb|EG520660.1|EG520660
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
EST: gi|86039335|gb|DR335090.1|DR335090
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAANCTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
EST: gi|86039337|gb|DR335092.1|DR335092
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
EST: gi|152035998|gb|AU237167.2|AU237167
EST:     ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTG                         GATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG
genomic: ACGCTTTTATTGGTGCTTAAACTCGATCACACCGTCTCTTCCTCATGGTGgttagtctct ... ggttatgcagGATGGTGTTTTTCCCGCTGTGGGCTTTTCATGCAGTTGTTGCAAGGGGCAG