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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGAGCAGCTCAGCACTAAAGAATGTGAGGATCTAGGGTTTAGCGGTCTTGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcctttctatgcgtgctttatttgatctcaattactgcagttttgctttttttcccccaaaagattctatattttagtttttgtgtattttatgagctagatcattctctctaaagttggttttgaggagtggaattactaaattggttatcttatattgattgatcttgtttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G05720.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86078488|gb|DR374245.1|DR374245
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022918|gb|DR318671.1|DR318671
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022908|gb|DR318661.1|DR318661
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022912|gb|DR318665.1|DR318665
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|19878749|gb|AU239580.1|AU239580
EST:     TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022917|gb|DR318670.1|DR318670
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022913|gb|DR318666.1|DR318666
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022916|gb|DR318669.1|DR318669
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022914|gb|DR318667.1|DR318667
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022909|gb|DR318662.1|DR318662
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022911|gb|DR318664.1|DR318664
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022915|gb|DR318668.1|DR318668
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
EST: gi|86022907|gb|DR318660.1|DR318660
EST:     TGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAG                         AGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA
genomic: TGCACTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTTAAGGACCAAGgttcgtgcct ... ttgtttgcagAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGTGCTGATGATTCTGAGGATTCCA