Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G830776_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaa-tacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttc-atatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
||||| ||| |||         || |   || || || ||||     || || || |   ||||| |||| | | ||   ||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||
gtgctgaaggata--------acttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatga-ctgcaa---agATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                              |||| ||  |||    | |  |||      |     ||  |||||   |  || |||   |  | |   |   | |||||    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |    ||||||||  | ||||| ||  |||||
--------------------------gttgttaaaaa--tgtctcttcactatatg----aatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagctt--acaacaatttcatatg-actgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                             |  ||   | | ||||||   ||||      |     ||  |||||   |  ||  ||  |  ||  | |   ||   |  || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |  | ||||||||  | ||||| ||  |||||
---------------------------gttaaaaatgtctcttcactatgaatatg----aatgtctccttttatagctctcaattttgatgactgtattgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttca-tatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                             ||||||   |  |  |||  |  |||  |  | |      ||| ||   |||   ||   ||| |||    | | ||||   |||| || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||| || || ||| |  |   ||||
---------------------------gttttaagg-ctcatctactacatttactcctca-agtccatattgatagtttatttctctaaacgattgaggtgtaactgt--agATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                     | ||  | | ||      ||||   | ||  ||  || |     |   | |||    |||  |  ||  |  ||||   |||  |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| || |||||  |  | |||
---------------------gttatta-tctattttcctgtt--gtgaatttattgccatattttctcagttagat-ttattgaatatgatgattttgcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0045g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                     | ||  | | ||      ||||   | ||  ||  || |     |   | |||    |||  |  ||  |  ||||   |||  |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| || |||||  |  | |||
---------------------gttatta-tctattttcctgtt--gtgaatttattgccatattttctcagttagat-ttattgaatatgatgattttgcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGATATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: PP1S468_8V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcata-cactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
     | |||| | || || |  ||      | || | | || |  | |   ||  |  | |  ||||      ||   | |    || || | | |    || | |||  || |  | || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |  |  | || |||||||| ||   ||| |||
---tcacagcagatcaatgcacacttg---ctcaacattgtgct-gcatgttatcaaaaagatcacttttgacaat--gtgaagatttccatccaat--gaattattgc--agGTGACTCCGGTTATACATGAGTGGTCGTATGATGCAATGTGCCATGATCTTTTGAATTTAGAAGGCAACAAGTATTCTTACGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                                                                  | |  |    | |||   |   || || ||||    |   |   || | || ||  |||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || || |||||||||||| ||||||||
-----------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggac---caccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ06496 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgact-gcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                                                                  | |  |    | |||   |     || ||||   |||| | |   || | || ||  |||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || || |||||||||||| ||||||||
-----------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggacc----accattttccatgagtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 31 (upstream exon), 21 (downstream exon)
Score: 2

TGCTGTTTGGGAAATTGTGTCAAAATATAAATCAACTATTCCTGAATTTCCCCAGAAGGAGACATGTGAACTGCTAATTGTCGACAGGCCCATAGATCAGgtgctaaagc ... gactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 31

TGCTGTTTGGGAAATTGTGTCAAAATATAAATCAACTATTCCTGAATTTCCCCAGAAGGAGACATGTGAACTGCTAATTGTCGACAGGCCCATAGATCAGgtgctaaagc ... gactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 36

TGCTGTTTGGGAAATTGTGTCAAAATATAAATCAACTATTCCTGAATTTCCCCAGAAGGAGACATGTGAACTGCTAATTGTCGACAGGCCCATAGATCAGgtgctaaagc ... gactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 55

TGCTGTTTGGGAAATTGTGTCAAAATATAAATCAACTATTCCTGAATTTCCCCAGAAGGAGACATGTGAACTGCTAATTGTCGACAGGCCCATAGATCAGgtgctaaagc ... gactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                         agcttac  putative branch site (score: 55)
        ttcaatttattcatta  TA-rich tract