Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggttggtgctatgtatttgtatttatcatatggtcaccaatttatttaattttagcaccatctatatcacatgttcctggcatttttcttccccttaatactctgtaaaagcttcattgtgaaatagaagacaaattgacttcacctgtactgaggttttatgctcattgccttcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G466281_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101388019|gb|EB816024.1|EB816024
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         ACATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
EST: gi|76933447|gb|DV173462.1|DV173462
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTT
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTT
EST: gi|76284393|gb|DV023961.1|DV023961
EST:     GATTTTCAGAAGTNCA-TGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTG
genomic: GATTTTCAGAAGT-CAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 460

GAGCCGAGTGGTGGGCACAGGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 420

GAGCCGAGTGGTGGGCACAGGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 406

GAGCCGAGTGGTGGGCACAGGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 613

GAGCCGAGTGGTGGGCACAGGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agacaaattgacttcacctgtactgaggttttatgctcattgccttcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA
     aattgac  putative branch site (score: 613)
                                   ctcattgccttcttcc  putative PPT
                            ttttat  TA-rich tract