Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggttggtgctatgtatttgtatttatcatatggtcaccaatttatttaattttagcaccatctatatcacatgttcctggcatttttcttccccttaatactctgtaaaagcttcattgtgaaatagaagacaaattgacttcacctgtactgaggttttatgctcattgccttcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G466281_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101388019|gb|EB816024.1|EB816024
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         ACATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
EST: gi|76933447|gb|DV173462.1|DV173462
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTT
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTT
EST: gi|149075136|gb|EE163629.2|EE163629
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
EST: gi|76284393|gb|DV023961.1|DV023961
EST:     GATTTTCAGAAGTNCA-TGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTG
genomic: GATTTTCAGAAGT-CAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTG
EST: gi|84980730|gb|DW531079.1|DW531079
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
EST: gi|24934262|gb|CA452480.1|CA452480
EST:     GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTG                         AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA
genomic: GGATTTTCAGAAGTCAATGCCCCTGCTGGGTTGGGTTCCTCTTATCTCTGgtatggttgg ... tcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agacaaattgacttcacctgtactgaggttttatgctcattgccttcttccccagAAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA
     aattgac  putative branch site (score: 3)
                                   ctcattgccttcttcc  putative PPT
                            ttttat  TA-rich tract