Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagttcttgtccttgcgccccttactggtctcgagatcaaccaacttgttcattaccataaattcaactaatgatcatttacatttttttactaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G443985_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G443985_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os06g05860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
-----aagttcttgtccttgcgccccttactggtctcgagatcaaccaacttgttcattaccataaattcaactaatgatcatttacatttttttactaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
     |   ||| |  |  | |        ||  | | | ||| |     |||| || ||| |||   |  | | || |   ||| |  | ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||
tttccagaatctagagcgagagtgaaactttgtccac-atatctattcctttgtgcaatacgata--ctacatttataac--tttgctgtgtttcactgatgcagGTTTTATTGCACACTATGCTACTCTAGCCAGCAGAGACGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32938375|gb|CF043194.1|CF043194
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
EST: gi|32938968|gb|CF043787.1|CF043787
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
EST: gi|488227|gb|T18808.1|T18808
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
EST: gi|32939806|gb|CF044625.1|CF044625
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
EST: gi|32939493|gb|CF044312.1|CF044312
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
EST: gi|76921243|gb|DV168509.1|DV168509
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
EST: gi|211132969|gb|FL170874.1|FL170874
EST:     AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTG                         GTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
genomic: AAGTGCTGAGAATGGTATAGGTCTTGTCAAGCTAATGGGTCGGCACAGTGgtaagcttct ... actaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgttcattaccataaattcaactaatgatcatttacatttttttactaatgcagGTTTTATTGCACATTATGCTACTCTGGCTAGCAGGGACGTG
                                            tactaat  putative branch site (score: 1)
                                      tttttttact  CT-rich tract
            ataaattcaactaatg  TA-rich tract