1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...atacaatcattttttttatggttttccggctctgtgaatgttgtttcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G341404_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|26456221|gb|CA827804.1|CA827804
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAAGATGTGEST: gi|86468537|gb|DY234907.1|DY234907
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|71323580|gb|DR798458.1|DR798458
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|101391576|gb|EB817724.1|EB817724
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|78104564|gb|DV522982.1|DV522982
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|78543655|gb|DV621153.1|DV621153
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|78080723|gb|DV509135.1|DV509135
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|91875153|gb|EB405110.1|EB405110
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|211529707|gb|FL481414.1|FL481414
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|26456078|gb|CA827661.1|CA827661
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|60350920|gb|DN217893.1|DN217893
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGEST: gi|149010181|gb|EE041996.2|EE041996
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
tcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG
aatgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atacaatcattttttttatggttttccggctctgtgaatgttgtttcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt