Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atacaatcattttttttatggttttccggctctgtgaatgttgtttcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G341404_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G341404_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g74580.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
-atacaatcattttttttatggttttccggctctgtga-atgttgtttcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGC---TTCAATCCTTTTGGGGGAG
|| |||| || | | | || | | | |||| | | ||| ||| || | || | ||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||
gtcacccatatttagcgataggcatgtttgttttgaatcagatcgacatgctgcag-atgccacgcgtgtcttttaaca-atgcgcaatcggcaatttgcagGTTCTTGGGGATGAAGATAAACGTGTAAGATACGACCGAGGAGAGGATCTTGATGAGATGAATATGGGAGGAGGAGGTGGTGGTTTCAATCCTTTTGGGG---

upper sequence: GRMZM2G341404_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g10180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
-atacaatcattttttttatggttttccggctctgtga-atgttgtttcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGG------GGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG
|| |||| | || | | | | | | | | |||| | | ||| ||| || | || | ||| | ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||
gtcacccatatttagctataggcatgcttgtttcgaatcagatcgacatgctgcag-atgccacgcgtgtcttttaaca-atgcgcaatcggcaatttgcagGTTCTTGGGGACGAAGATAAACGTGTAAGATACGACCGAGGAGAGGATCTTGATGAGATGAATATGGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGTTTCAATCCTTTTG------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60394505|gb|DN227375.1|DN227375
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|26456221|gb|CA827804.1|CA827804
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAAGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|86468537|gb|DY234907.1|DY234907
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|71323580|gb|DR798458.1|DR798458
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|101391576|gb|EB817724.1|EB817724
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|78104564|gb|DV522982.1|DV522982
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|78543655|gb|DV621153.1|DV621153
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|78080723|gb|DV509135.1|DV509135
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|91875153|gb|EB405110.1|EB405110
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|211529707|gb|FL481414.1|FL481414
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|26456078|gb|CA827661.1|CA827661
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|60350920|gb|DN217893.1|DN217893
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
EST: gi|149010181|gb|EE041996.2|EE041996
EST:     ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAG                         GTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG
genomic: ACCGGGAGAAAGCAGAAAACATGTTTCGAGAAATTGCTGCTGCTTATGAGgtacgatgaa ... catgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG
       aatgtatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atacaatcattttttttatggttttccggctctgtgaatgttgtttcgctggaatgtattgtgcgatatgtttgtcacaagcttctgctgcatgtgtcagGTGCTTGGTGATGAAGACAAACGTGTAAGGTATGACCGTGGAGAGGATGTGGAGGAGATGAATATGGGAGGCGGGGGTGGCTTCAATCCTTTTGGGGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt