Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcttccactgcattctcaattggtttgttgttggtcagaagactgtcagtgcactatatcaactatgccattcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAACTTGGGGAACCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G165357_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G165357_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtttgtc--ttccactgcattctcaattggtttgttgttggtcagaagactg-----tcagtgcactatatca--acta-tgccattc-attgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAACTTGGGGAACCCAG
|||||||    |   || | | ||| ||  ||  | | |||    ||   ||     ||| ||||  | ||||  |||  | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||
gtttgtcaccccttttgaaatgtca-ttaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18169307|gb|BM339147.1|BM339147
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|13562266|gb|BG550486.1|BG550486
EST:     CCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAG-TTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|13558126|gb|BG549482.1|BG549482
EST:     CCAGAGGCCAGGAACACTGTATTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGAGGCCAGGAACACAG-ACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32850602|gb|CD990283.1|CD990283
EST:     TCCAGAGGCTAGGAACACAGACTAGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|5525817|gb|AI861710.1|AI861710
EST:     TATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|5871227|gb|AW017698.1|AW017698
EST:     GTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: GTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18168819|gb|BM338659.1|BM338659
EST:     AGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18172685|gb|BM348073.1|BM348073
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|149070502|gb|EE158906.2|EE158906
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|71444249|gb|DR825299.1|DR825299
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|211023433|gb|FL440281.1|FL440281
EST:     AGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|60394382|gb|DN227252.1|DN227252
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|6012581|gb|AW062018.1|AW062018
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACCCAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32848833|gb|CD988514.1|CD988514
EST:     AGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18164214|gb|BM334053.1|BM334053
EST:     TGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGAAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|60342197|gb|DN209170.1|DN209170
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32864569|gb|CF004251.1|CF004251
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|71449952|gb|DR831002.1|DR831002
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|211225103|gb|FL464256.1|FL464256
EST:     AGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: AGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|32850797|gb|CD990478.1|CD990478
EST:     TGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|149082964|gb|EE172200.2|EE172200
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18166053|gb|BM335892.1|BM335892
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18171739|gb|BM341579.1|BM341579
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|149065531|gb|EE286651.2|EE286651
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|60339871|gb|DN206844.1|DN206844
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18173577|gb|BM348965.1|BM348965
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|18176777|gb|BM351710.1|BM351710
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|45213764|gb|CK850000.1|CK850000
EST:     TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTTTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAGGCCAGGAACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
EST: gi|5847454|gb|AW000533.1|AW000533
EST:     ACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC
genomic: ACACAGACTAGGAGTTTCTGCTATGTTGCCGATATGgtttgtcttc ... ttcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttgttggtcagaagactgtcagtgcactatatcaactatgccattcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAACTTGGGGAACCCAG
                             tatatcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtcttccactgcattctcaattggtttgttgttggtcagaagactgtcagtgcactatatcaactatgccattcattgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAACTTGGGGAACCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT