Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaacttctctataatttttaatgtgatgtttggaattttgtcaatttgctggatccacaaacctttgatgttaacattttactctattactatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGAGACACGCTGGTTGGACAGTGTTGTTGAATCCATCAGTAATGTCGCCAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G154574_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G154574_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os07g33100.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
----aaaacttctctataattt-ttaatgtgatgtttggaattttgtcaatttgctggatccacaaacctttgatgttaacattttactctattactatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGAGACACGCTGGTTGGACAGTGTTGTTGAATCCATCAGTAATGTCGCCAAA
    | || || |   |   || || ||||| ||  || |       ||    |  | |   |  ||  | |||   |     | |  | || | | ||   ||||| ||  || ||| || |||| || ||||||||||| |||||||| |||||| | | ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||  | ||||||
gaacacaatttgttagtggcttgttgatgtgctggatgcacgacgaaca-cacgacgaacatatgaagttctgactctg---ctgtgttttacttc-atatgtagGGCTGAAGGTGGCATGCTGCACATACATGGGAATGTCAACGACTCGGATGAGTCGCTCTGGTTGGACAATGTTGTTAAGTCCATCACTAACATTGCCAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87155467|gb|DY400256.1|DY400256
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
EST: gi|166514203|gb|EG240855.1|EG240855
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACT
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACT
EST: gi|26559427|gb|CA831662.1|CA831662
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
EST: gi|26559057|gb|CA831292.1|CA831292
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
EST: gi|22542262|gb|BU092700.1|BU092700
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
EST: gi|32942516|gb|CF047335.1|CF047335
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
EST: gi|87155759|gb|DY400548.1|DY400548
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
EST: gi|22935761|gb|BU572036.1|BU572036
EST:     TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAG                         GATTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA
genomic: TTGTTACCCTCAAGTGAATGTAGCTGGGCCACTGCTGTCGAAGCTTTAAGgtgatctgtc ... ctatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgctggatccacaaacctttgatgttaacattttactctattactatgcatagGGTTGGCGGGGGCGTGTTGCATATTCATGGGAATGTTAACGACTCTGATGAGACACGCTGGTTGGACAGTGTTGTTGAATCCATCAGTAATGTCGCCAAA
                        tgttaac  putative branch site (score: 2)
                       atgttaacatttta  TA-rich tract