Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaccccttttctggacactcgaagttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaacttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G136803_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G136803_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os07g46790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
gtatgaccccttttctggacactcg---aagttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaac-ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG
||||||    ||| ||| |||  |    ||   | ||         || |  |    || ||   |||  |  ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
gtatgatgt-tttcctgcacatgctagtaaacagctattgcttgttctatgcacataaatgacagaaatatattatccagGTTATGCAAGAACTTGGATTGATTGGATTGCGTATCCAGAGAATGCCCAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCATCTCAGTATAGCTACATGACG

upper sequence: GRMZM2G136803_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA19G30580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
----------------------------------------------------------------------------------------------------gtatgaccccttttctggacactcgaag-------------ttgttaactaacc-------cactgttaatgat-aacgatgaaaacttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG
                                                                                                     | ||||   |  |   || | |  |||             || ||| || |         || |||||    |  || || ||    |  ||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| || ||  | ||||| | ||||||  |  |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||
gtatgcccattatgttttccttaagctctcctaatctagaaaatctatctctatttcacttgcagacacacaagcacacacacacacacacatactcacattctgacttatcctaaagatattaaaagaattagatttttatttttatcttaatttgggtacattgttaggatttgactataaatttgttaatgtagGTTATGCAAGAACTGGGATTAGTTGGGTTGCGCATTCAGCGCATGCCCAATGAACCTGATCTGGAATTTGGTATTCCTTCTAAGTACAGCTACATGACG

upper sequence: GRMZM2G136803_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA03G27600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
--------------------------------------------------------------------------------------------------------gtat-gaccccttttctggacactcgaagttgttaactaacccactgttaatgat-aacgatgaaaacttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG
                                                                                                         |||  |     ||  |    | |   | ||  |        |||||  |    |  || || ||    |  ||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| || ||  | ||||| | ||||||  |  |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||
gtatgcccattatgttttccttaagctctcctaatcatgaaaatctatctctatttcacttgcagacacatacatacacactcacattctgacttatcctaaagatattaaaataattattttttatttttattttattttgggtacactgaaaggatttgactataaatttgttaatgtagGTTATGCAAGAACTGGGATTAGTTGGGTTGCGCATTCAGCGCATGCCCAATGAACCTGATCTGGAATTTGGTATTCCTTCTAAGTACAGCTACATGACG

upper sequence: GRMZM2G136803_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv08s0040g00670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
-------------------------------------gtatgaccccttttctggacactcgaa-gttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaacttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG
                                      | ||  |  |||  ||   |    ||  |   |  |  |     ||| | | || ||   || |||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| || || || ||||| ||||| ||||||||     |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
gtatgtttattcaactctcttcctccccctttctttattttgggctttttaatgctaatctaaacataagttgcacaaaagttgtgagttatgactg-gataactttgatgcagGTCATGCAAGAACTGGGTTTAATTGGTTTACGCATTCAAAGGATGCCAAGTGAACCTGGGCTGGAGTTTGGTATTCCTTCTCAATATAGCTATATGACG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932784|gb|CF037596.1|CF037596
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32930716|gb|CF035528.1|CF035528
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32931864|gb|CF036676.1|CF036676
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32932809|gb|CF037621.1|CF037621
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32837361|gb|CD977039.1|CD977039
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32930164|gb|CF034976.1|CF034976
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32836690|gb|CD976368.1|CD976368
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32932023|gb|CF036835.1|CF036835
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 109

GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 221

GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 38

GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 214

GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcgaagttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaacttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGTGAACCAAACTTGGAATTTGGTATTCCTTCTCAGTATAGCTATATGACG
                                            cttctat  CT-rich tract
                         ttaatgataa  TA-rich tract