Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccatcagggttgcctgtaactagcaaagcattatattgtattgttgttgtccaggaacaaaccaacctaattctattcttggatgtgctttctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G111014_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G111014_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g16290.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
--ccatcagggttgc--ctgtaactagcaaagcattatattgtattgttgttgtccaggaacaaaccaacctaattctattcttggatgtgctttctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG
    || ||   | |  ||| |  ||||||  ||| ||    |  |  |||| ||||| | ||| ||    |||| || | |||||   || |||||   ||||||| |||| ||||| || || || |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||
agtgatgagtcctacttctgcacatagcaatacatgatgcatttataatgttatccagcagcaaccc----taatactttgcttggtcatgttttctttcctagAAATCCCTTCATGATCCAATCGCATTCAGAAAAGAAATGGATGGAATAACAGTGGATGTTTCCCTTCAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211423929|gb|FL064832.1|FL064832
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|31612357|gb|CD568979.1|CD568979
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925384|gb|CF030196.1|CF030196
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGAATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925421|gb|CF030233.1|CF030233
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGAATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|5268379|gb|AI770343.1|AI770343
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATAGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925143|gb|CF029955.1|CF029955
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925179|gb|CF029991.1|CF029991
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGAATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32924802|gb|CF029614.1|CF029614
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGCCCTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32924772|gb|CF029584.1|CF029584
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGAATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32926646|gb|CF031458.1|CF031458
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|211423925|gb|FL064828.1|FL064828
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32926818|gb|CF031630.1|CF031630
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGAATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32926591|gb|CF031403.1|CF031403
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925737|gb|CF030549.1|CF030549
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925461|gb|CF030273.1|CF030273
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925062|gb|CF029874.1|CF029874
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|211426532|gb|FL064833.1|FL064833
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32926568|gb|CF031380.1|CF031380
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA
EST: gi|32925900|gb|CF030712.1|CF030712
EST:     GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAG                         AAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGAATGGTATAACA
genomic: GTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 243

AATAATCTTGACAAAGGAAGAAGGGCACACAGTTCAACGCAACGAATATTGTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 112

AATAATCTTGACAAAGGAAGAAGGGCACACAGTTCAACGCAACGAATATTGTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 51

AATAATCTTGACAAAGGAAGAAGGGCACACAGTTCAACGCAACGAATATTGTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 82

AATAATCTTGACAAAGGAAGAAGGGCACACAGTTCAACGCAACGAATATTGTTATGCTGGTGGCCTTGTTGAATATGTTAAATGGTTGAATACTGACAAGgtctgctcta ... tctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgtccaggaacaaaccaacctaattctattcttggatgtgctttctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG
                   acctaat  putative branch site (score: 82)
                                        tgctttct  putative PPT
                      taattctatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccatcagggttgcctgtaactagcaaagcattatattgtattgttgttgtccaggaacaaaccaacctaattctattcttggatgtgctttctgaactagAAACCCCTGCATGACCCGATTGCGTTCAGAAAGGAGTTGGATGGTATAACAGTGGATGTCTCCCTTCAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - -gcctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgctt