Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacctaagaccactcactttagaatcctcactggtgcttggcaccactcatatctgttcacctaattgattcttcacctgttttatcgccacacaattcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGTCCAAATTACCAATCTGGACTGGCTAAAATGCGTAAGCTTGGTGCAGAAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107082_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107082_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os11g47330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtacctaag---accactcactttagaatcctcactggtg----------cttggcaccactcatatctgttcacctaattgattcttcacctgttttatcgccacacaattcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGTCCAAATTACCAATCTGGACTGGCTAAAATGCGTAAGCTTGGTGCAGAAC
||| ||| |   ||| || | | ||||||  |  |   ||          |||  ||||| |   |  |||||| || |||||||      |   |  |||       || |  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
gtagctatgctgacccctaaatctagaattgtggccaatgttctctaaaacttatcaccagttccacatgttcatctgattgattgactgtcaactgaatc----tgaaacttgctttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTGCAAGGATGCACATCTATGTCCGACGTGGTGGTCCAAATTACCAAACTGGGCTGGCTAAAATGCGCAAGCTTGGCGCAGAAC

upper sequence: GRMZM2G107082_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os11g47120.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
-----------gtacctaagaccactcactttag--aatcctcactggtgcttggcaccactcatatctgttcacctaattgattcttcacctgttttatcgccacacaattcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGTCCAAATTACCAATCTGGACTGGCTAAAATGCGTAAGCTTGGTGCAGAAC
           |  ||  | | | |  | | | |  |||  || ||    |||  ||||| |   |  |||||| || |||| ||      |   |  |||       || |  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
gtagctatgctgacccctaaatctcgaattgtggccaatgttctctaaaacttatcaccagttccacatgttcatctgattggttgactgtcaactgaatc----tgaaacttgctttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTGCAAGGATGCACATCTATGTCCGACGTGGTGGTCCAAATTACCAAACTGGGCTGGCTAAAATGCGCAAGCTTGGCGCAGAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211099628|gb|FL031896.1|FL031896
EST:     CTGATGTTGCTACTACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|6851489|gb|AW352499.1|AW352499
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|60357576|gb|DN224549.1|DN224549
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|4966766|gb|AI691622.1|AI691622
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGTATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGCTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|89248869|gb|DY620655.1|DY620655
EST:     CTGATGGTGTTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|60352571|gb|DN219544.1|DN219544
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|71769086|gb|DR967023.1|DR967023
EST:     GGCATCTTCCGAGCCTTAAGGGAGGAAGG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTTATGTCCGCCGAGGGT
genomic: GGCATCATCCGAGCCTTAAGGGA-GAA-Ggtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACA-TTTATGTCCGCCGA-GGT
EST: gi|60354935|gb|DN221908.1|DN221908
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|12969143|gb|BG266088.1|BG266088
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGTATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGCTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|148953531|gb|EE153040.2|EE153040
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211099629|gb|FL031897.1|FL031897
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|13177932|gb|BG349115.1|BG349115
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|60398717|gb|DN231533.1|DN231533
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|3191853|gb|AI001299.1|AI001299
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|113703225|gb|EE680729.1|EE680729
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|32851220|gb|CD990901.1|CD990901
EST:     CTGATGTTGCTACTACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|13177931|gb|BG349114.1|BG349114
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|5922366|gb|AW055655.1|AW055655
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGTATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGCTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|4827542|gb|AI668234.1|AI668234
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGTATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGCTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211182331|gb|FL049128.1|FL049128
EST:     GAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: GAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211182330|gb|FL049127.1|FL049127
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|5871775|gb|AW018246.1|AW018246
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|67017038|gb|CO445787.1|CO445787
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGTATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGCTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|60401566|gb|DN234373.1|DN234373
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|78024963|gb|DV493350.1|DV493350
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGTATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGCTGAAGGCTTCAAGGATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|50332311|gb|CO527437.1|CO527437
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|16378083|gb|BI992269.1|BI992269
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211182332|gb|FL049129.1|FL049129
EST:     ATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAASTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: ATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|60395413|gb|DN228283.1|DN228283
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211420152|gb|FL463211.1|FL463211
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211481515|gb|FL480068.1|FL480068
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|113703355|gb|EE680859.1|EE680859
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCTAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211182329|gb|FL049126.1|FL049126
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
EST: gi|211182333|gb|FL049130.1|FL049130
EST:     CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAG                         GAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTACCACATTCAATGGCATCATCCGAGCCTTAAGGGAGAAGgtacctaaga ... tcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgttcacctaattgattcttcacctgttttatcgccacacaattcactttcagGAATCCAAGTTGAAGGCTTCAAGAATGCACATTTATGTCCGCCGAGGTGGTCCAAATTACCAATCTGGACTGGCTAAAATGCGTAAGCTTGGTGCAGAAC
                                            ttcactttc  CT-rich tract
          taattgatt  TA-rich tract