Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgttcagggttttgtactctgccttgtactactgttagtgaatgccttgtaattagtgttgttgtttatgcagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTGGCCTTCTTGCAGCATTTGCTTGGCCTGCTACGTTGCTTGCCGCTACAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G092776_T07
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G092776_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g02170.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaatgttcagggttttgtactctgccttgtactactgttagtgaatgccttgtaattagtgttgttgtttatg---cagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTGGCCTTCTTGCAGCATTTGCTTGGCCTGCTACGTTGCTTGCCGCTACAGA
||||| ||    ||||||       || | ||| ||| | ||  ||  | |  |||||     |||| ||||||   |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||
gtaatatttgtagttttgc------ccatttac-actatcagcaaaaacttc-taatttacactgttatttatgattcagGACTTGCTATGGAATTGATGAAGCAAGGTGCAATGAGAACCGTATTAAGTGGTCTTCTTGCAGCATTTGCATGGCCAGCTACACTGCTTGCGGCTACAGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110536646|gb|EE040761.1|EE040761
EST:     AAGCACATAATTTGCAGTGAGTACAGCAATCCAGGATTGGCTGGCTTCAA                         GGCTTGCAATGGAATTGA-GAAACAAAGGTGCTATGAGAACTGTTTTAAGT
genomic: AAGCACATAA-TTGCAGTGAGTACAGCAATACAGGATTGGCTGACATCAAgtaatgttca ... gtttatgcagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAAC-AAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGT
EST: gi|67020360|gb|CO449109.1|CO449109
EST:     CAAGCACATAATTGCAGTGAGTACAGCAATACAGGATTGGCTGACATCAA                         GGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTG
genomic: CAAGCACATAATTGCAGTGAGTACAGCAATACAGGATTGGCTGACATCAAgtaatgttca ... gtttatgcagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTG
EST: gi|74233198|gb|DT641112.1|DT641112
EST:     CAAGCACATAATTGCAGTGAGTACAGCAATACAGGATTGGCTGACATCAA                         GGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTG
genomic: CAAGCACATAATTGCAGTGAGTACAGCAATACAGGATTGGCTGACATCAAgtaatgttca ... gtttatgcagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgccttgtactactgttagtgaatgccttgtaattagtgttgttgtttatgcagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTGGCCTTCTTGCAGCATTTGCTTGGCCTGCTACGTTGCTTGCCGCTACAGA
                            ttgtaatta  TA-rich tract