Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctaaagctatatttctattcaatggataaaaatcatataaccacaatcagaattgtgacttgactggatttctgtgatttgtgaccaaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTCAGAAATGCTCTGCTCAGTCTGTTCTATTCATGCACAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G090087_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G090087_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os05g45960.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtctaaagctatatttctattcaatggataaaaatcatataaccacaatcagaattgtgact--tgactggatttctgtgatttgtgaccaaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTCAGAAATGCTCTGCTCAGTCTGTTCTATTCATGCACAAG
|||| |||  ||  |||| |||| |   |   | |  ||||   | |||       ||  ||   ||   ||  |     | || |    |   ||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
gtctgaagtcat--ttctgttcagttcttcgta-ttgtatataaaaaattcagtgcgtagctaccgagctgacctgacatacttttccatacccaaacagGTTGATTACATTGCATGGGTTTGCGACCAGGATGCTTATGCTTGCAGTGGTCAGAAGTGCTCTGCTCAGTCTATTCTATTCATGCACAAG

upper sequence: GRMZM2G090087_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ08918 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtctaaagctatatttctattcaatggataaaaatcatataaccacaatcagaattgtgacttgactggatttctgtgatttgtgaccaaa--taaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTCAGAAATGCTCTGCTCAGTCTGTTCTATTCATGCACAAG
                                               |   |  || | |  |   |    | || || ||   ||  | |  |    || |||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || || || |||||  |||| ||||||||| ||
--------------------------------------------gtgactggt-ttctaagatcttttagctgctttggttgacgagtagacttttgcagATTGACTACGTTGCATGGGTTTGCGACCAGGATGCATATGCGTGCAGTGGTCAGAAGTGTTCGGCACAGTCCATTCTTTTCATGCACGAG

upper sequence: GRMZM2G090087_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ29772 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtctaaagctatatttctattcaatggataaaaatcatataaccacaatcagaattgtgacttgactggatttctgtgatttgtgaccaaa--taaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTCAGAAATGCTCTGCTCAGTCTGTTCTATTCATGCACAAG
                                               |   |  || | |  |   |    | ||||| ||   ||  | |  |    || |||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || || || |||||  |||| ||||||||| ||
--------------------------------------------gtgactggt-ttctaagatcttttagctgctgtggttgacgagtacacttttgcagATTGACTACGTTGCATGGGTTTGCGACCAGGATGCATATGCGTGCAGTGGTCAGAAGTGTTCGGCACAGTCCATTCTTTTCATGCACGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211226663|gb|FL216925.1|FL216925
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|211228708|gb|FL216926.1|FL216926
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|67019711|gb|CO448460.1|CO448460
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|33101148|gb|CF061108.1|CF061108
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|67026280|gb|CO455029.1|CO455029
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|67024223|gb|CO452972.1|CO452972
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|211228710|gb|FL216928.1|FL216928
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|24773212|gb|CA408466.1|CA408466
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|32846970|gb|CD986651.1|CD986651
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
EST: gi|211228712|gb|FL216930.1|FL216930
EST:     TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAG                         GTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT
genomic: TGGAGGATGCTGGTTTTGATTGGAAAATTCTTGGTCCAGATGTTCAAGAGgtctaaagct ... aaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cacaatcagaattgtgacttgactggatttctgtgatttgtgaccaaataaatagGTTGATTATGTTGCATGGGTTTGCGATCAGGATGCTTATGCTTGTAGCGGTCAGAAATGCTCTGCTCAGTCTGTTCTATTCATGCACAAG
                acttgac  putative branch site (score: 4)
                                             aaataaata  TA-rich tract