Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagagaggtctatatgtttctgtcagtatgattgtgttatgattatatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064023_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
tagagaggtctatatgtttctgtcagtatgattgtgttatgattatatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG
||| |||  ||  || |   | |     |   |    |   | ||| | | | |  | || |||  |||| |   |   ||| |  | |||||| |||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| 
tagggagtactgcatataaatttggacttctataaactgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA

upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
---tagagaggt-ctatatgtttctgtcagtatgattgtgttatgattatatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG
    || |  |   || |  ||| ||    | | |   |         || |   | |  |  | |||| || ||        |||    | ||| || ||||| |||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||
tctcagggctgcattacaaatttgtgcttctgtaaacatacggc----atgttacccacttacctacttggcacttattcgattgacttatgatacggatgcagGTCATGTGTATGAGGCAATCGATGCTCTTCCTGTAACTGCTCATCCGATGACCCAGTTTACCACAGGAGTGATGGCACTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76287895|gb|DV027463.1|DV027463
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|4609628|gb|AI600467.1|AI600467
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|71450120|gb|DR831170.1|DR831170
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|76284365|gb|DV023933.1|DV023933
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|31361054|gb|CD445411.1|CD445411
EST:     GCAAGTTGATGCTCTATCAAAGGAATTGCTTGAGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|213174510|gb|FM184748.1|FM184748
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|149090362|gb|EE179668.2|EE179668
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|149082725|gb|EE171943.2|EE171943
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|67033527|gb|CO462276.1|CO462276
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|32859373|gb|CD999054.1|CD999054
EST:     GCAAGGTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|149077813|gb|EE166538.2|EE166538
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: gi|211399063|gb|FL099822.1|FL099822
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG                         CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG
                                      aattaat  putative branch site (score: 3)
                                    ataattaatatggtt  TA-rich tract