Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacttgggatttgtactgcctcccattttcttatgtgttcagtggttgctttctatggtggtcaaaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os11g33240.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaaacttgggatttgtactgcctccca--ttttcttatgtgttcagtggttgctttctatggtggtca-----aaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||| |||||||||     ||   |||  |||||| | | |  | || ||| |  | |        ||  | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
gtatgcttgggatttatactgcctcaagagttgcattaattgttcaatagat-ttgtccatgttattgactgctctgttgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCACCAGTGGCTTCGTATGTTTACCGGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaaacttgggatttgtactgcctccca--ttttcttatgtgttcagtggttgctttctatggtggtcaaaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||| |||||||||| |  ||   |||  |||| | ||| |  |   | |  ||  |     |  | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
gtatgcttgggatttatactgcctccaaaattgcattagttgttgaatggattttccatgtactgacctgg--tgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78179069|gb|DV549442.1|DV549442
EST:     TGAC-ATGGATTGCC-AAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: TGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|6964715|gb|AW433408.1|AW433408
EST:     TGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTT--GAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: TGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|7238183|gb|AW573405.1|AW573405
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|7145414|gb|AW506895.1|AW506895
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttatgtgttcagtggttgctttctatggtggtcaaaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG
                                    aaaattattgtttgta  TA-rich tract