Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052880_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g25580.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatatgttgaacatatatgt-------gatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
||| ||  | ||||||  |||       | ||| ||   |||  |  | |||||||||| |  |||| |  || |  |  | |  | |  ||||||||| ||   ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||
gtacattgtaaacatacctgtatacgcagttttgacatctatcctagtgctacattgagca--tggtctatatatgctgctgcttcataatttctttggcaccatagATTGCACCAATCATTCATGAATGGACATATGACGCGATGTGCCATGATCTTCTATGTATGGATGGCAACAAGTATGTCCATGAG

upper sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA01G42140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
   | | ||      || |||   | |   |    |  | ||||   ||    | |||||  |  | |||  |       || ||  | || |  |  ||||||| ||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||| || || || ||||||||||| 
--gtttcttagctccatttgttggtcattgacatgtaatattct---tttgacagatggtcatgttgtttaca-gtgaggttattattctgattttgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACTTATGATGCCATGTGTCATGATTTGCTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAA

upper sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA11G03230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
   | | ||      || |||   | |   | |  |  | ||||    |    |||||||    || |||  |       || ||  | || |  |  ||||||| ||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||| || || || ||||||||||| 
--gtttcttagctccatttgttggtcattgacttgtaatattct---cttgacaaatggt---catgtttaca-gtgaggttattattctgattttgtagATTGCTCCTGTGATACATGAATGGACTTATGATGCCATGTGTCATGATTTGCTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCATGAA

upper sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
      |||   | | | |   ||| |   |||||  || |  | ||  || |   |  | |  ||    | | |  |      ||   |     || |||||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||   |||||| || || || ||||| ||||| 
------gttttccctctctcacattcactgattatgatt-tggttcacggattgtctattttatatgggctgacaatgaccaacttacat----ttttagATTGCACCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTAAATATGGAAGGAAATAAATATGTCCATGAA

upper sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
                                                   ||||  | ||  |     ||   ||| |  | || | | |||  || || |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||  | || || |||||||| || ||| |||||
---------------------------------------------------gtaa--gatgcaa---cgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG

upper sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ06496 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
                                                   ||||  | ||  |     ||   ||| |  | || | |  ||  || || |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||  | || || |||||||| || ||| |||||
---------------------------------------------------gtaa--gatgcaa---cgttaggaccaccattttccatgagtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 140

CAGTGTATGGAATTGTCTTGCGAAATATAAAACGACAATACCTGAATTTCCTCAAACAGAAACTTGTGAGCTACTTATAGTAGACCGTTCAATAGATCAGgtatatgttg ... ggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 195

CAGTGTATGGAATTGTCTTGCGAAATATAAAACGACAATACCTGAATTTCCTCAAACAGAAACTTGTGAGCTACTTATAGTAGACCGTTCAATAGATCAGgtatatgttg ... ggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

CAGTGTATGGAATTGTCTTGCGAAATATAAAACGACAATACCTGAATTTCCTCAAACAGAAACTTGTGAGCTACTTATAGTAGACCGTTCAATAGATCAGgtatatgttg ... ggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 85

CAGTGTATGGAATTGTCTTGCGAAATATAAAACGACAATACCTGAATTTCCTCAAACAGAAACTTGTGAGCTACTTATAGTAGACCGTTCAATAGATCAGgtatatgttg ... ggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG
              tgttaat  putative branch site (score: 85)
                                      tttctttg  putative PPT
              tgttaatctttttata  TA-rich tract