1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgcgaaatattcagatattgtttgatttgtgcatcgattacagtttagttatggttggtcaatgttgatcttgcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTATGTTTCAGGAACGGTTGGTGATGACAGCTGGTACAAGACGGTCATTTTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G043862_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGAGATTCAAGACTCCAGAAATCCTATTTCAGCCCCATATGGGAGGAAT GCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTAEST: gi|113701275|gb|EE678779.1|EE678779
genomic: GAGAGATTCAAGACTCCAGAAATCCTATTTCAGCCCCATATGGGAGGAATgtgcgaaata ... gcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTA
EST: GAGAGATTCAAGACTCCAGAAATCTTATTTCAGCCCCATATGGGAGGAAT GCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTAEST: gi|40303469|gb|CK347856.1|CK347856
genomic: GAGAGATTCAAGACTCCAGAAATCCTATTTCAGCCCCATATGGGAGGAATgtgcgaaata ... gcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTA
EST: GAGAGATTCAAGACTCCAGAAATCCTATTTCAGCCCCATATGGGAGGAAT GCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTAEST: gi|110515665|gb|EE020253.1|EE020253
genomic: GAGAGATTCAAGACTCCAGAAATCCTATTTCAGCCCCATATGGGAGGAATgtgcgaaata ... gcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTA
EST: GCCCCATATGGGGGGAAG GGGTGGTATGGGGTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTA
genomic: GCCCCATATGGGAGGAATgtgcgaaata ... gcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTA
tgtgcatcgattacagtttagttatggttggtcaatgttgatcttgcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTATGTTTCAGGAACGGTTGGTGATGACAGCTGGTACAAGACGGTCATTTTA
tgttgat putative branch site (score: 86)
tcttgccctt CT-rich tract
tttagttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcgaaatattcagatattgtttgatttgtgcatcgattacagtttagttatggttggtcaatgttgatcttgcccttgcagGCGTGCTATGGGCTTGCATAAAGCAGTATCTCTATGTATGGATCACTGCTATGTTTCAGGAACGGTTGGTGATGACAGCTGGTACAAGACGGTCATTTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG