Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctggttacatatggtgtgcgttatcttttgttggttgttgaaacttctggagccttctcaccgagctcctttgccctgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCGCTGGCCTCTAATGTGTCGCAGAAAAAAAATGTAATTCAGTTTTTTGAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043602_T03
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043602_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g30060.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
--------gtctggttacatatggtgtgc-gttatcttttgttggttgttgaaacttctggagccttctca---ccgagctcctttgccctgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAG--GCTTCGAATCTGTGCCGCTGGCCTCTAATGT-GTCGCAGAAAAAAAAT-GTAATTCAGTTTTTTGAGT
         |  | |   |   || |    | | | | ||  || |  ||||     ||    |||||| |    |     |  | |        |  |||||||||| || |||||||||||||||||||||   |  | ||       | |     ||     |  |  | || |  |||||  | ||  | |         
aggtgatttttcgatggtactaggcgaattggtgtttctttgtgttctttgatgaccctttcaccttctgaaggtctcatactctcgtgtcaccatacagGTCCTCACTATTGATGGAGGAATGGTAATGTAAAAAGGCTTGAGCGGTCACTGGCAATCTTCCCGGCAGCTGTAGTAGTAAAATCATCATGTAATGAACA----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211282115|gb|FL480851.1|FL480851
EST:     TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAG                         GTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
genomic: TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAGgtctggttac ... tgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
EST: gi|50322350|gb|CO517476.1|CO517476
EST:     TGGTGGAATTTTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAG                         GTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
genomic: TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAGgtctggttac ... tgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
EST: gi|149008910|gb|EE041128.2|EE041128
EST:     TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAG                         GTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
genomic: TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAGgtctggttac ... tgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
EST: gi|74240280|gb|DT648194.1|DT648194
EST:     TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAG                         GTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
genomic: TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAGgtctggttac ... tgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
EST: gi|50332234|gb|CO527360.1|CO527360
EST:     TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAG                         GTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG
genomic: TGGTGGAATTCTTAGCCCTCAGCCCTGCTGCAAGCTACATCACTGGACAGgtctggttac ... tgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggttgttgaaacttctggagccttctcaccgagctcctttgccctgtggtgtagGTCCTCACCATCGATGGAGGAATGGTAATGTAAGGCTTCGAATCTGTGCCGCTGGCCTCTAATGTGTCGCAGAAAAAAAATGTAATTCAGTTTTTTGAGT
                       ttctcac  putative branch site (score: 2)
                                  ctcctttgccctgt  putative PPT