Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043198_T03
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-----gtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatgg---------------------atgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG
      | | |  || ||| ||||         || |||||  | ||| ||||| |||  ||  ||| ||| ||| ||   ||| ||| ||                       |||||||||||| | |||| |||||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
gtatgctgtatagttgtattgatttcgtagtaggatgagttttatttggtcaggtttcggtttctggtttgcctggaagagtttatttctgatggctgctttcatttttctatgtgtagATAGAGCAAGAAGGAAAAGATGTTACAATTACCGCATTCTCCAAGATGGTCGGATATGCTCTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149112130|gb|EE191255.2|EE191255
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|211087670|gb|FL396337.1|FL396337
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|211325794|gb|FL399616.1|FL399616
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60352148|gb|DN219121.1|DN219121
EST:     TCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: TCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32801932|gb|CD954168.1|CD954168
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATGGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|148928998|gb|EC874173.2|EC874173
EST:     GCCTTCCGATTGGAAAGGGTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCCCTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: GCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|31355375|gb|CD439732.1|CD439732
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAA-TGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32788226|gb|CD940462.1|CD940462
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|76282095|gb|DV021663.1|DV021663
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|67038743|gb|CO464998.1|CO464998
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|211454584|gb|FL410342.1|FL410342
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCYAAG                         ATAGAGCGACMAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60396979|gb|DN229798.1|DN229798
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|463331|gb|T18298.1|T18298
EST:     CTNCTGAGGTACTTNATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|148962973|gb|EE013917.2|EE013917
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCA
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCA
EST: gi|32801690|gb|CD953926.1|CD953926
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|78092119|gb|DV520493.1|DV520493
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGGAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|6031329|gb|AW076186.1|AW076186
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|148995150|gb|EE034430.2|EE034430
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGGAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACCAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32802072|gb|CD954308.1|CD954308
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60672217|gb|DN474985.1|DN474985
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGNTGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|31354921|gb|CD439278.1|CD439278
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|14206753|gb|BG840431.1|BG840431
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|211231538|gb|FL370980.1|FL370980
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|148933048|gb|EE285947.2|EE285947
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGANCAGGGGAA-GATGTCACTATCACTGCATTCT
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGA-CAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCT
EST: gi|50322511|gb|CO517637.1|CO517637
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAAT
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAAT
EST: gi|211275651|gb|FL423569.1|FL423569
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCYAAG                         ATAGAGCGACMAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|71442750|gb|DR823800.1|DR823800
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGGAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGT
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGT
EST: gi|211126332|gb|FL371833.1|FL371833
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTT
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60340970|gb|DN207943.1|DN207943
EST:     GGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: GGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|5566870|gb|AI881781.1|AI881781
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|44900498|gb|CK827043.1|CK827043
EST:     TGCTGAGGTACTTGATTTCTAGCTTCTCCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: TGCTGAGGTACTTGA-TTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG
                                    tctttttttat  CT-rich tract
                                 aaatctttttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG