1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaagcgaatacttgactatatggtacagctaaatctatatgttagcgcttaatactttgtgttatctgttgccttcatttgttttaattgtttggactgtatcctttttcctcagGTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGAAAAGCACAAGCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G041561_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACAAGTGTATGGAAGAGAAAAAATTTCTTGATGAA GTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGAEST: gi|13558684|gb|BG550040.1|BG550040
genomic: TGACAAGTGTATGGAAGAGAAAAAATTTCTTGATGAAgtaagcgaat ... ttttcctcagGTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGA
EST: AGTGTATGGAAGAGAAAAAATTTCTTGATGAA GTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGA
genomic: AGTGTATGGAAGAGAAAAAATTTCTTGATGAAgtaagcgaat ... ttttcctcagGTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGA
gttatctgttgccttcatttgttttaattgtttggactgtatcctttttcctcagGTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGAAAAGCACAAGCAAG
ttttaat putative branch site (score: 25)
ctgtatcctttttcct putative PPT
atttgttttaattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcgaatacttgactatatggtacagctaaatctatatgttagcgcttaatactttgtgttatctgttgccttcatttgttttaattgtttggactgtatcctttttcctcagGTAAATGGCAATCTTGTCAAGAATCAGGAGATGTGGATTGAAACTATACGAAAAGCACAAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG