Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgataattctgttctttaagaaatagttgagtgcaaaacttgcctctgaaacatgtattgatttgaagcattttgcagATTAATCCACATTATGTTCAAGATATGCATATATATGGTGATCCTTCACGTGTTCCTGTTGTTCTTATAGAACAACATGTCATGGTTGTTCCACAGCATA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G039505_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G039505_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os12g06800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtttga-taattctgttctttaagaaatagt-tgagtgcaaaacttgc---ctctgaaacatgtattgatttgaagcattttgcagATTAATCCACATTATGTTCAAGATATGCATATATATGGTGATCCTTCACGTGTTCCTGTTGTTCTTATAGAACAACATGTCATGGTTGTTCCACAGCATA
||| |  |  || | || ||  |  ||   | |||||| ||||||||     |  ||| | | || |||||| ||||||  ||||||| ||  | |  |  |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| 
gttcggcttgttatttttttggaataactttatgagtgaaaaacttgttaatttagaatcgtttactgatttaaagcatcctgcagATCAACACGCTGTCCGTTCAAGATATGCAAATATATGCAGATCCTTCACGTGTTCCTGTTGTTCTTATAGAACAACATGTCATGGTTGTTCCGCAACATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagttgagtgcaaaacttgcctctgaaacatgtattgatttgaagcattttgcagATTAATCCACATTATGTTCAAGATATGCATATATATGGTGATCCTTCACGTGTTCCTGTTGTTCTTATAGAACAACATGTCATGGTTGTTCCACAGCATA
                                tattgat  putative branch site (score: 3)
                                tattgattt  TA-rich tract