1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgcttttactgtgttattccttagtattttttgacattttatattttaatagtcatttcactgggtttggtcaatgattgtatgatttgttgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTCAGGAAAATCAAGCTGAGTTTCTCCGCTTGGTGAATGAATCTCCTGAGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G035417_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|5739686|gb|AI947481.1|AI947481
genomic: TCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCCCAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|28983432|gb|BQ538616.2|BQ538616
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|61117480|gb|DN558441.1|DN558441
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|5932681|gb|AW057042.1|AW057042
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTT-AAGAGCTAGEST: gi|60354372|gb|DN221345.1|DN221345
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAG
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|120480604|gb|EH210908.1|EH210908
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCATTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|93283697|gb|EB675961.1|EB675961
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|17929739|gb|BM266651.1|BM266651
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|60353833|gb|DN220806.1|DN220806
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|5714195|gb|AI944180.1|AI944180
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: AGTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|33102654|gb|CF062614.1|CF062614
genomic: AGTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTEST: gi|33095687|gb|CF055681.1|CF055681
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|78024018|gb|DV492405.1|DV492405
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|60339492|gb|DN206465.1|DN206465
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|78121957|gb|DV540341.1|DV540341
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|18167512|gb|BM337351.1|BM337351
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|33091803|gb|CF051797.1|CF051797
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCGAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|24767328|gb|CA402472.1|CA402472
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|60353847|gb|DN220820.1|DN220820
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: AGTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|61117483|gb|DN558444.1|DN558444
genomic: AGTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|16925169|gb|BM078237.1|BM078237
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|5847201|gb|AW000280.1|AW000280
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|5325104|gb|AI783295.1|AI783295
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|5152838|gb|AI759136.1|AI759136
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: GTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCCCAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|61117482|gb|DN558443.1|DN558443
genomic: GTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGATAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|60347941|gb|DN214914.1|DN214914
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCGTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTTTGCGGTTGATTEST: gi|211521982|gb|FL195244.1|FL195244
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|211377507|gb|FL195230.1|FL195230
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|18179525|gb|BM380735.1|BM380735
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTEST: gi|211524979|gb|FL195247.1|FL195247
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
EST: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG CCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
genomic: TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAGgtgcttttac ... tgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATT
ttaatagtcatttcactgggtttggtcaatgattgtatgatttgttgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTCAGGAAAATCAAGCTGAGTTTCTCCGCTTGGTGAATGAATCTCCTGAGG
tatgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcttttactgtgttattccttagtattttttgacattttatattttaatagtcatttcactgggtttggtcaatgattgtatgatttgttgattggtagCCAATGCTTCAAGAGCTAGGTAAACAAAACCCACAAATTCTGCGGTTGATTCAGGAAAATCAAGCTGAGTTTCTCCGCTTGGTGAATGAATCTCCTGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA