Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagggactctggacttaaatgttagagtggtagtaggatctgtaatatgtattgagacatctctcctgagtcctgactacttgaacacagGTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G020002_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74240936|gb|DT648850.1|DT648850
EST:     GATGATTTTCGGAAGATTCCCAATGGTGTAAATG                         GTC-TGAGGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
genomic: GATGATTTTCGGAAGATTCCCAATGGTGTAAATGgtagggactc ... ttgaacacagGTCTTGA-GGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
EST: gi|28187829|gb|CB179439.1|CB179439
EST:     GAAGATTCCCAATGGTGTAAATG                         GTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
genomic: GAAGATTCCCAATGGTGTAAATGgtagggactc ... ttgaacacagGTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
EST: gi|78079711|gb|DV508123.1|DV508123
EST:     AAGATTCCCAATGGTGTAAATG                         GTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
genomic: AAGATTCCCAATGGTGTAAATGgtagggactc ... ttgaacacagGTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
EST: gi|113703820|gb|EE681324.1|EE681324
EST:     GAAAGCTTTTGGTTCTGATGATTTTCGGAAGATTCCCAATGGTGTAAATG                         GTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
genomic: GAAAGCTTTTGGTTCTGATGATTTTCGGAAGATTCCCAATGGTGTAAATGgtagggactc ... ttgaacacagGTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
EST: gi|148929734|gb|EC876616.2|EC876616
EST:     TCCCAATGGTGTAAATG                         GTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
genomic: TCCCAATGGTGTAAATGgtagggactc ... ttgaacacagGTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggatctgtaatatgtattgagacatctctcctgagtcctgactacttgaacacagGTCTTGAGGAACGGATGCATATACTTTGGGACAGCATGGTG
                                   tcctgac  putative branch site (score: 2)
       taatatgtatt  TA-rich tract