Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taatcacagcaacatggatcactaagttatgaaattgtagatataatagggtcaatattcttattcaaccttgtttgatatctttgccctaattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAGGGTGTTTTACTTGCTGGAGTTCCGGGAGCTGGTGGCTTCGATGCAGTAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G019260_T01
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G019260_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os03g14830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
----------------------------------------------------------------------------taatcacagcaacatggatcactaagttatgaaattgtagatataatagggtcaatattcttattcaaccttgtttgatatctttgccctaattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAGGGTGTTTTACTTGCTGGAGTTCCGGGAGCTGGTGGCTTCGATGCAGTAT
                                                                            || | ||| | | |   ||   | || ||| || |||||||||  || ||| || |||  | ||  |  | ||| |     | ||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |  || || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |
gtaagacttagttccttttaatgaaattatggatgttgaagataacatgatcgattcttctacatggtggctggcatagttacatctagacaaattgtttagctattaatttgtagata--atggggacattatagtaatatacacctgtct-----cgttgtcctcattttgcagATTGAGCCAGAATCACAAACTCAACTTCTGGATGCCACTATGAATATGGAGGGTGTTCTACTAGCTGGAGTTCCTGGGGCCGGTGGCTTTGATGCAGTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110522033|gb|EE026217.1|EE026217
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|78089474|gb|DV517848.1|DV517848
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|76285162|gb|DV024730.1|DV024730
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|71308538|gb|DR790508.1|DR790508
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|76017986|gb|DT945156.1|DT945156
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|74234774|gb|DT642688.1|DT642688
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|78093391|gb|DV521765.1|DV521765
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|8665270|gb|BE186086.1|BE186086
EST:     ATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: ATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|101392372|gb|EB818115.1|EB818115
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|60345166|gb|DN212139.1|DN212139
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGTATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|58029394|gb|CX724821.1|CX724821
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
EST: gi|211480442|gb|FL214852.1|FL214852
EST:     TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCG                         ATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG
genomic: TTGAGATAAGGCTTCACATGCGAGAGATGGGCATAGCAGCCGGTGTTCCGgtaaggtctc ... aattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagggtcaatattcttattcaaccttgtttgatatctttgccctaattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAGGGTGTTTTACTTGCTGGAGTTCCGGGAGCTGGTGGCTTCGATGCAGTAT
                                         ccctaat  putative branch site (score: 3)
        aatattcttattcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taatcacagcaacatggatcactaagttatgaaattgtagatataatagggtcaatattcttattcaaccttgtttgatatctttgccctaattttgtagATTGAGCCAGATTCACAAACACGGCTACTTGACGCCACTATGAATATGGAGGGTGTTTTACTTGCTGGAGTTCCGGGAGCTGGTGGCTTCGATGCAGTAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG