1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ttctcctataccatgttgttttgtttggttctacattgttgaatcattaaggatgctcaaatttgtttgtatagacttttatggtgttttgttcttgcagATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCGGCTTAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G017845_T02 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATTCTTATTCTGTATGGTCTCCCAAG ATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCGEST: gi|110191747|gb|EC873645.1|EC873645
genomic: AATTCTTATTCTGTATGGTCTCCCAAGgtgaaatgtc ... gttcttgcagATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCG
EST: ACACGGCGATGTGAAGTGACTGCAATTCTTATTCTGTATGGTCTCCCAAG ATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCGEST: gi|78116577|gb|DV534964.1|DV534964
genomic: ACACGGCGATGTGAAGTGACTGCAATTCTTATTCTGTATGGTCTCCCAAGgtgaaatgtc ... gttcttgcagATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCG
EST: ACACGGCGATGTGAAGTGACTGCAATTCTTATTCTGTATGGTCTCCCAAG ATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCG
genomic: ACACGGCGATGTGAAGTGACTGCAATTCTTATTCTGTATGGTCTCCCAAGgtgaaatgtc ... gttcttgcagATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCG
attaaggatgctcaaatttgtttgtatagacttttatggtgttttgttcttgcagATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCGGCTTAAAG
ttttgttctt CT-rich tract
aaatttgtttgtata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctcctataccatgttgttttgtttggttctacattgttgaatcattaaggatgctcaaatttgtttgtatagacttttatggtgttttgttcttgcagATTGTTGACAGGTTCAATTTTAGCTCATGAGATGATGCATGCATGGTTGCGGCTTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG