Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttctctatcatgatgttatttgatgactttattttgtatttttctagttacatggtctgacttatttaaactataactttagGATGCGATGCAAAGGCCTGATGCGAAGACATTATTGATGCATCCATGGTTGCAGAACTCAAGACGTGCTTTGCCTGCTTCCCTTCGGCAACCTACTCCAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017654_T02
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017654_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os04g56530.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gttctctatcat-----gatgt-tatttgatgactttattttgtatttttctagttacatggtctgacttatttaaactataactttagGATGCGATGCAAAGGCCTGATGCGAAGACATTATTGATGCATCCATGGTTGCAGAACTCAAGACGTGCTTTGCCTGCTTCCCTTCGGCAACCTACTCCAT---
||||| | || |     | | | | |||||  | || ||  |   ||| || | ||   || | |      || ||     | || |||||| | || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||    || ||||| ||||||  || ||   
gttctgtgtcgtttctggctatatctttgagaatttaatgattattttatcaaattgtttgctgttctgacttcaagaagcacctgtagGATTCAATACAAAGACCTGATGCAAAGACATTATTGATGCACCCATGGTTGCAAAACTCAAGGCGAGCTTTGCCA---TCTCTTCGACAACCTGTTCAATCAC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttattttgtatttttctagttacatggtctgacttatttaaactataactttagGATGCGATGCAAAGGCCTGATGCGAAGACATTATTGATGCATCCATGGTTGCAGAACTCAAGACGTGCTTTGCCTGCTTCCCTTCGGCAACCTACTCCAT
                                           ctataac  putative branch site (score: 3)
                                acttatttaaactata  TA-rich tract