1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtactgcttactttgtgtatggcctatagttgtagttattttgctttatggttgtccactaaatctgacttttcgctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTGCTGATCTGCTCTGCCTGAGTTTGCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G013750_T03 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|9743007|gb|BE519155.1|BE519155
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|60354046|gb|DN221019.1|DN221019
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|37387451|gb|CF630919.1|CF630919
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|60342669|gb|DN209642.1|DN209642
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATTTTGGTTGTGTTTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|4630552|gb|AI621426.1|AI621426
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: GAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|6031286|gb|AW076143.1|AW076143
genomic: GAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTNTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|67023237|gb|CO451986.1|CO451986
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|78545102|gb|DV622600.1|DV622600
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|60394675|gb|DN227545.1|DN227545
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|14243980|gb|BG841694.2|BG841694
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|37377438|gb|CF625322.1|CF625322
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAA-AATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|60345832|gb|DN212805.1|DN212805
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|60396663|gb|DN229531.1|DN229531
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|149074395|gb|EE162783.2|EE162783
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|67021450|gb|CO450199.1|CO450199
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|31909273|gb|CD650836.1|CD650836
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACGATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|37400251|gb|CF637475.1|CF637475
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|37374825|gb|CF623804.1|CF623804
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|13381714|gb|BG458269.1|BG458269
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|6563654|gb|AW231381.1|AW231381
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|8930022|gb|BE224860.1|BE224860
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCCTEST: gi|60358924|gb|DN225897.1|DN225897
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|211414360|gb|FL328790.1|FL328790
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|5055399|gb|AI734286.1|AI734286
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: AGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|4966662|gb|AI691518.1|AI691518
genomic: AGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|78023300|gb|DV491687.1|DV491687
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|33095588|gb|CF055582.1|CF055582
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTEST: gi|5871332|gb|AW017803.1|AW017803
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|211279038|gb|FL066029.1|FL066029
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|40335770|gb|CK369840.1|CK369840
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTGAGAATAATTGAACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTEST: gi|13557647|gb|BG549003.1|BG549003
genomic: CTTTGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: TGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGGACAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCCTEST: gi|5804749|gb|AI979719.1|AI979719
genomic: TGGGTGCCAAAGCTGCAGAAGATTTGAAGCTAAGAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
EST: GAATAATTGACCAT AATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTCCCATAAAGAGGCTT
genomic: GAATAATTGAACATgtactgctta ... ctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTT
tgtagttattttgctttatggttgtccactaaatctgacttttcgctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTGCTGATCTGCTCTGCCTGAGTTTGCAG
cttttcgctctgctt CT-rich tract
ttattttgctttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactgcttactttgtgtatggcctatagttgtagttattttgctttatggttgtccactaaatctgacttttcgctctgcttagAATATCTTGGTTGTGTCTAAGTACTATTCGAGGGTTACCATAAAGAGGCTTGCTGATCTGCTCTGCCTGAGTTTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT